Changeset 168 for cpp/frams/genetics/f9


Ignore:
Timestamp:
03/11/14 14:45:29 (11 years ago)
Author:
sz
Message:

reformatting

Location:
cpp/frams/genetics/f9
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • cpp/frams/genetics/f9/conv_f9.cpp

    r157 r168  
    1313{
    1414        name = "Turtle3D-ortho encoding";
    15         in_format  = '9';
     15        in_format = '9';
    1616        out_format = '0';
    1717        mapsupport = 0; //would be easy and nice to add!
    … …  
    1919
    2020
    21 const char* turtle_commands_f9 ="LRDUBF";
     21const char* turtle_commands_f9 = "LRDUBF";
    2222
    2323//const char* turtle_commandsX_f9="-+0000";
    … …  
    3131        Model m;
    3232        m.open();
    33         int recently_added=addSegment(m,vertices,current,0xDead);
    34         for(int i=0;i<in.len();i++)
     33        int recently_added = addSegment(m, vertices, current, 0xDead);
     34        for (int i = 0; i < in.len(); i++)
    3535        {
    36                 char command=in[i];
    37                 char *ptr=strchr((char*)turtle_commands_f9,command);
     36                char command = in[i];
     37                char *ptr = strchr((char*)turtle_commands_f9, command);
    3838                if (ptr)
    3939                {
    40                         int delta[]={0,0,0};
    41                         int pos=ptr-turtle_commands_f9;
    42                         int axis=pos/2;
    43                         int dir=pos%2;
    44                         (*(delta+axis))+=dir*2-1; //+1 or -1 in the given axis
     40                        int delta[] = { 0, 0, 0 };
     41                        int pos = ptr - turtle_commands_f9;
     42                        int axis = pos / 2;
     43                        int dir = pos % 2;
     44                        (*(delta + axis)) += dir * 2 - 1; //+1 or -1 in the given axis
    4545                        current.add(delta);
    46                         recently_added=addSegment(m,vertices,current,recently_added);
     46                        recently_added = addSegment(m, vertices, current, recently_added);
    4747                }
    4848        }
    … …  
    5757}
    5858
    59 int GenoConv_f90::addSegment(Model &m,vector<XYZ_LOC> &vertices,const XYZ_LOC &new_vertex,int recently_added)
     59int GenoConv_f90::addSegment(Model &m, vector<XYZ_LOC> &vertices, const XYZ_LOC &new_vertex, int recently_added)
    6060{
    61         if (vertices.size()<1) //empty model?
     61        if (vertices.size() < 1) //empty model?
    6262        {
    63                 return addNewVertex(m,vertices,new_vertex);
    64         } else
     63                return addNewVertex(m, vertices, new_vertex);
     64        }
     65        else
    6566        {
    66                 int vertex_here=findVertexAt(vertices,new_vertex);
    67                 if (vertex_here<0) //need to create a new Part
     67                int vertex_here = findVertexAt(vertices, new_vertex);
     68                if (vertex_here < 0) //need to create a new Part
    6869                {
    69                         vertex_here=addNewVertex(m,vertices,new_vertex);
     70                        vertex_here = addNewVertex(m, vertices, new_vertex);
    7071                } //else there already exists a Part in new_vertex; new Joint may or may not be needed
    71                 Part *p1=m.getPart(recently_added);
    72                 Part *p2=m.getPart(vertex_here);
    73                 if (m.findJoint(p1,p2)<0 && m.findJoint(p2,p1)<0) //new Joint needed? should always be true if we just created a new Part (vertex_here was <0)
     72                Part *p1 = m.getPart(recently_added);
     73                Part *p2 = m.getPart(vertex_here);
     74                if (m.findJoint(p1, p2) < 0 && m.findJoint(p2, p1) < 0) //new Joint needed? should always be true if we just created a new Part (vertex_here was <0)
    7475                {
    75                         m.addNewJoint(p1,p2);
     76                        m.addNewJoint(p1, p2);
    7677                }
    7778                return vertex_here;
    … …  
    7980}
    8081
    81 int GenoConv_f90::findVertexAt(vector<XYZ_LOC> &vertices,const XYZ_LOC &vertex)
     82int GenoConv_f90::findVertexAt(vector<XYZ_LOC> &vertices, const XYZ_LOC &vertex)
    8283{
    83         for(int i=0;i<vertices.size();i++)
     84        for (int i = 0; i < vertices.size(); i++)
    8485                if (vertices[i].same_coordinates(vertex)) return i;
    8586        return -1;
    … …  
    8788
    8889
    89 int GenoConv_f90::addNewVertex(Model &m,vector<XYZ_LOC> &vertices,const XYZ_LOC &new_vertex)
     90int GenoConv_f90::addNewVertex(Model &m, vector<XYZ_LOC> &vertices, const XYZ_LOC &new_vertex)
    9091{
    91         Part *p=new Part;
    92         p->p.x=new_vertex.x;
    93         p->p.y=new_vertex.y;
    94         p->p.z=new_vertex.z;
     92        Part *p = new Part;
     93        p->p.x = new_vertex.x;
     94        p->p.y = new_vertex.y;
     95        p->p.z = new_vertex.z;
    9596        m.addPart(p);
    9697
    9798        vertices.push_back(new_vertex);
    98         return vertices.size()-1;
     99        return vertices.size() - 1;
    99100}
    100101
    101 double mix(int *colortab,int maxind,double ind)
     102double mix(int *colortab, int maxind, double ind)
    102103{
    103         int indpre=(int)ind;
    104         int indpost=indpre+1;
    105         if (indpost>maxind) indpost=maxind;
    106         int v1=colortab[indpre];
    107         int v2=colortab[indpost];
    108         double d1=ind-indpre;
    109         double d2=indpost-ind;
    110         double v=indpre==indpost?v1:d2*v1+d1*v2; //d1+d2==1
     104        int indpre = (int)ind;
     105        int indpost = indpre + 1;
     106        if (indpost > maxind) indpost = maxind;
     107        int v1 = colortab[indpre];
     108        int v2 = colortab[indpost];
     109        double d1 = ind - indpre;
     110        double d2 = indpost - ind;
     111        double v = indpre == indpost ? v1 : d2*v1 + d1*v2; //d1+d2==1
    111112        return v;
    112113}
    … …  
    115116{
    116117        //a rainbow on Joints: from the first one red, through middle green, to blue or violet - last
    117         static int r[]={1,1,0,0,0,1};
    118         static int g[]={0,1,1,1,0,0};
    119         static int b[]={0,0,0,1,1,1};
    120         int maxind=ARRAY_LENGTH(r)-1;
     118        static int r[] = { 1, 1, 0, 0, 0, 1 };
     119        static int g[] = { 0, 1, 1, 1, 0, 0 };
     120        static int b[] = { 0, 0, 0, 1, 1, 1 };
     121        int maxind = ARRAY_LENGTH(r) - 1;
    121122
    122         int joints_count=m.getJointCount();
    123         for(int i=0;i<joints_count;i++)
     123        int joints_count = m.getJointCount();
     124        for (int i = 0; i < joints_count; i++)
    124125        {
    125                 Joint *j=m.getJoint(i);
    126                 double x=joints_count<2?0:(double)i/(joints_count-1); //0..1, postion in the rainbow
    127                 double ind=x*maxind;
    128                 j->vcolor.x=mix(r,maxind,ind);
    129                 j->vcolor.y=mix(g,maxind,ind);
    130                 j->vcolor.z=mix(b,maxind,ind);
     126                Joint *j = m.getJoint(i);
     127                double x = joints_count < 2 ? 0 : (double)i / (joints_count - 1); //0..1, postion in the rainbow
     128                double ind = x*maxind;
     129                j->vcolor.x = mix(r, maxind, ind);
     130                j->vcolor.y = mix(g, maxind, ind);
     131                j->vcolor.z = mix(b, maxind, ind);
    131132        }
    132133
    133         int parts_count=m.getPartCount();
     134        int parts_count = m.getPartCount();
    134135        SList jlist;
    135         for(int i=0;i<parts_count;i++)
     136        for (int i = 0; i<parts_count; i++)
    136137        {
    137                 Part *p=m.getPart(i);
     138                Part *p = m.getPart(i);
    138139                jlist.clear();
    139                 int count=m.findJoints(jlist,p);
    140                 Pt3D averagecolor(0,0,0); //Parts will get averaged colors from all attached Joints
    141                 FOREACH(Joint*,j,jlist)
    142                         averagecolor+=j->vcolor;
    143                 if (count>5) count=5; //avoid too fat...
    144                 p->vsize=0.3+count/15.0; //the more Joints is attached to a Part, the fatter it is
    145                 p->vcolor=averagecolor/count;
     140                int count = m.findJoints(jlist, p);
     141                Pt3D averagecolor(0, 0, 0); //Parts will get averaged colors from all attached Joints
     142                FOREACH(Joint*, j, jlist)
     143                        averagecolor += j->vcolor;
     144                p->vcolor = averagecolor / count;
     145                if (count>5) count = 5; //avoid too fat...
     146                p->vsize = 0.3 + count / 15.0; //the more Joints is attached to a Part, the fatter it is
    146147        }
    147148}
    … …  
    149150void GenoConv_f90::perturbPartLocations(Model &m) //deterministic "body noise", see APPLY_DETERMINISTIC_BODY_NOISE
    150151{
    151         for(int i=0;i<m.getPartCount();i++)
     152        for (int i = 0; i < m.getPartCount(); i++)
    152153        {
    153                 Part *p=m.getPart(i);
     154                Part *p = m.getPart(i);
    154155                Pt3D noise(
    155                         ((i+1)  %10)-4.5  ,
    156                         ((3*i+5)%10)-4.5  ,
    157                         ((7*i+2)%10)-4.5
     156                        ((i + 1) % 10) - 4.5,
     157                        ((3 * i + 5) % 10) - 4.5,
     158                        ((7 * i + 2) % 10) - 4.5
    158159                        ); //-4.5 .. 4.5 in each axis
    159                 p->p+=noise/1000;
     160                p->p += noise / 1000;
    160161        }
    161162}

  • cpp/frams/genetics/f9/oper_f9.cpp

    r145 r168  
    99
    1010#define FIELDSTRUCT GenoOper_f9
    11 static ParamEntry GENOf9param_tab[]=
     11static ParamEntry GENOf9param_tab[] =
    1212{
    13         {"Genetics: f9",1,1,},
    14         {"f9_mut",0,0,"Mutation probability","f 0 1 0.1",FIELD(mut_prob),"How many genes should be mutated during single mutation (1=all genes, 0.1=ten percent)",},
    15         {0,},
     13        { "Genetics: f9", 1, 1, },
     14        { "f9_mut", 0, 0, "Mutation probability", "f 0 1 0.1", FIELD(mut_prob), "How many genes should be mutated during single mutation (1=all genes, 0.1=ten percent)", },
     15        { 0, },
    1616};
    1717#undef FIELDSTRUCT
    … …  
    2323        par.select(this);
    2424        par.setDefault();
    25         supported_format='9';
     25        supported_format = '9';
    2626}
    2727
    … …  
    2929{
    3030        if (!gene[0]) return 1; //empty is not valid
    31         bool ok=true;
     31        bool ok = true;
    3232        int i;
    33         for(i=0;i<strlen(gene);i++) if (!strchr(turtle_commands_f9,gene[i])) {ok=false; break;}
    34         return ok ? GENOPER_OK : i+1;
     33        for (i = 0; i < strlen(gene); i++) if (!strchr(turtle_commands_f9, gene[i])) { ok = false; break; }
     34        return ok ? GENOPER_OK : i + 1;
    3535}
    3636
    … …  
    3939{
    4040        SString validated; //new genotype (everything except turtle_commands_f9 is skipped)
    41         for(int i=0;i<strlen(gene);i++)
    42                 if (strchr(turtle_commands_f9,gene[i])) validated+=gene[i];  //validated contains only turtle_commands_f9
     41        for (int i = 0; i < strlen(gene); i++)
     42                if (strchr(turtle_commands_f9, gene[i])) validated += gene[i];  //validated contains only turtle_commands_f9
    4343        free(gene);
    44         gene=strdup(validated); //reallocate
     44        gene = strdup(validated); //reallocate
    4545        return GENOPER_OK;
    4646}
    4747
    4848///Very simple mutation
    49 int GenoOper_f9::mutate(char *&gene,float &chg,int &method)
     49int GenoOper_f9::mutate(char *&gene, float &chg, int &method)
    5050{
    51         method=0;
    52         int changes=0,len=strlen(gene);
    53         int symbols=strlen(turtle_commands_f9);
     51        method = 0;
     52        int changes = 0, len = strlen(gene);
     53        int symbols = strlen(turtle_commands_f9);
    5454
    55         for(int i=0;i<len;i++)
     55        for (int i = 0; i < len; i++)
    5656        {
    57                 if (rnd01<mut_prob) //normalize prob with the length of the genotype
     57                if (rnd01 < mut_prob) //normalize prob with the length of the genotype
    5858                {
    59                         char oldgene=gene[i];
    60                         gene[i]=turtle_commands_f9[randomN(symbols)];
    61                         if (gene[i]!=oldgene) changes++;
     59                        char oldgene = gene[i];
     60                        gene[i] = turtle_commands_f9[randomN(symbols)];
     61                        if (gene[i] != oldgene) changes++;
    6262                }
    6363        }
    6464
    65         if (rnd01<mut_prob) //add or delete a random char
     65        if (rnd01 < mut_prob) //add or delete a random char
    6666        {
    6767                SString newgeno(gene);
    68                 if (randomN(2)==0) //add
     68                if (randomN(2) == 0) //add
    6969                {
    70                         int symbols=strlen(turtle_commands_f9);
    71                         int p=randomN(len+1);  //random location
     70                        int symbols = strlen(turtle_commands_f9);
     71                        int p = randomN(len + 1);  //random location
    7272                        //printf("before add: %s\n",(const char*)newgeno);
    73                         newgeno=newgeno.substr(0,p)+SString(turtle_commands_f9+randomN(symbols),1)+newgeno.substr(p);
     73                        newgeno = newgeno.substr(0, p) + SString(turtle_commands_f9 + randomN(symbols), 1) + newgeno.substr(p);
    7474                        //printf("after add: %s\n",(const char*)newgeno);
    7575                        changes++;
    76                 } else if (len>1) //delete
     76                }
     77                else if (len > 1) //delete
    7778                {
    78                         int p=randomN(len);  //random location
     79                        int p = randomN(len);  //random location
    7980                        //printf("before delete: %s\n",(const char*)newgeno);
    80                         newgeno=newgeno.substr(0,p)+newgeno.substr(p+1);
     81                        newgeno = newgeno.substr(0, p) + newgeno.substr(p + 1);
    8182                        //printf("after delete: %s\n",(const char*)newgeno);
    8283                        changes++;
    8384                }
    8485                free(gene);
    85                 gene=strdup(newgeno); //reallocate
     86                gene = strdup(newgeno); //reallocate
    8687        }
    8788
    88         chg=(float)changes/len;
    89         return changes>0?GENOPER_OK:GENOPER_OPFAIL; //no changes => OPFAIL so that genman will call mutate again
     89        chg = (float)changes / len;
     90        return changes > 0 ? GENOPER_OK : GENOPER_OPFAIL; //no changes => OPFAIL so that GenMan will call mutate again
    9091}
    9192
    9293///A simple one-point crossover
    93 int GenoOper_f9::crossOver(char *&g1,char *&g2,float& chg1,float& chg2)
     94int GenoOper_f9::crossOver(char *&g1, char *&g2, float& chg1, float& chg2)
    9495{
    95         int len1=strlen(g1),len2=strlen(g2);
    96         int p1=randomN(len1);  //random cut point for first genotype
    97         int p2=randomN(len2);  //random cut point for second genotype
    98         char *child1=(char*)malloc(p1+len2-p2+1);
    99         char *child2=(char*)malloc(p2+len1-p1+1);
    100         strncpy(child1,g1,p1);   strcpy(child1+p1,g2+p2);
    101         strncpy(child2,g2,p2);   strcpy(child2+p2,g1+p1);
    102         free(g1); g1=child1;
    103         free(g2); g2=child2;
    104         chg1=(float)p1/strlen(child1);
    105         chg2=(float)p2/strlen(child2);
     96        int len1 = strlen(g1), len2 = strlen(g2);
     97        int p1 = randomN(len1);  //random cut point for first genotype
     98        int p2 = randomN(len2);  //random cut point for second genotype
     99        char *child1 = (char*)malloc(p1 + len2 - p2 + 1);
     100        char *child2 = (char*)malloc(p2 + len1 - p1 + 1);
     101        strncpy(child1, g1, p1);   strcpy(child1 + p1, g2 + p2);
     102        strncpy(child2, g2, p2);   strcpy(child2 + p2, g1 + p1);
     103        free(g1); g1 = child1;
     104        free(g2); g2 = child2;
     105        chg1 = (float)p1 / strlen(child1);
     106        chg2 = (float)p2 / strlen(child2);
    106107        return GENOPER_OK;
    107108}
    … …  
    110111unsigned long GenoOper_f9::style(const char *g, int pos)
    111112{
    112         char ch=g[pos];
    113         unsigned long style=GENSTYLE_CS(0,GENSTYLE_INVALID); //default, should be changed below
    114         char *ptr=strchr((char*)turtle_commands_f9,ch);
     113        char ch = g[pos];
     114        unsigned long style = GENSTYLE_CS(0, GENSTYLE_INVALID); //default, should be changed below
     115        char *ptr = strchr((char*)turtle_commands_f9, ch);
    115116        if (ptr)
    116117        {
    117                 int pos=ptr-turtle_commands_f9;
    118                 int axis=pos/2;
    119                 style=GENSTYLE_RGBS(axis==0?200:0,axis==1?200:0,axis==2?200:0,GENSTYLE_NONE);
     118                int pos = ptr - turtle_commands_f9;
     119                int axis = pos / 2;
     120                style = GENSTYLE_RGBS(axis == 0 ? 200 : 0, axis == 1 ? 200 : 0, axis == 2 ? 200 : 0, GENSTYLE_NONE);
    120121        }
    121122        return style;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.