Ignore:
Timestamp:
03/01/14 22:05:02 (8 years ago)
Author:
sz
Message:

Warn against missing converter, convert() caller can differentiate between conversion failure and missing converter.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • cpp/frams/genetics/genoconv.cpp

    r145 r150  
    1818///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
    1919
    20 GenoConvParam::GenoConvParam(GenoConvManager *g):Param(0),gcm(g)
    21 {
    22 updatetab();
     20GenoConvParam::GenoConvParam(GenoConvManager *g) :Param(0), gcm(g)
     21{
     22        updatetab();
    2323}
    2424
    2525void GenoConvParam::freetab()
    2626{
    27 if (tab) free(tab);
    28 tab=0;
     27        if (tab) free(tab);
     28        tab = 0;
    2929}
    3030
    3131const char *GenoConvParam::id(int i)
    3232{
    33 if (i>=gcm->converters.size()) return 0;
    34 sprintf(tmp_id,"genkonw%d",i);
    35 return tmp_id;
     33        if (i >= gcm->converters.size()) return 0;
     34        sprintf(tmp_id, "genkonw%d", i);
     35        return tmp_id;
    3636}
    3737
    3838void GenoConvParam::updatetab()
    3939{
    40 int i;
    41 GenoConverter *gk;
    42 ParamEntry *pe;
    43 int ile=gcm->converters.size();
    44 freetab();
    45 tab=(ParamEntry*)calloc(2+ile,sizeof(ParamEntry));
    46 tab[0].id="Genetics: Conversions";
    47 tab[0].group=1;
    48 tab[0].flags=(short)ile;
    49 tab[0].name="gkparam:";
    50 gcnames.clear();
    51 for (i=0,pe=tab+1;gk=(GenoConverter *)gcm->converters(i);pe++,i++)
    52         {
    53         pe->id="?";
    54         pe->group=0;
    55         pe->flags=0;
    56         std::string descr="f";
    57         descr+=gk->in_format;
    58         descr+=" -> f";
    59         descr+=gk->out_format;
    60         descr+=" : ";
    61         descr+=gk->name;
    62         gcnames.push_back(descr);
    63         pe->name=descr.c_str();
    64         pe->type="d 0 1";
    65         pe->help=gk->info;
    66         }
    67 pe->id=0;
     40        int i;
     41        GenoConverter *gk;
     42        ParamEntry *pe;
     43        int ile = gcm->converters.size();
     44        freetab();
     45        tab = (ParamEntry*)calloc(2 + ile, sizeof(ParamEntry));
     46        tab[0].id = "Genetics: Conversions";
     47        tab[0].group = 1;
     48        tab[0].flags = (short)ile;
     49        tab[0].name = "gkparam:";
     50        gcnames.clear();
     51        for (i = 0, pe = tab + 1; gk = (GenoConverter *)gcm->converters(i); pe++, i++)
     52        {
     53                pe->id = "?";
     54                pe->group = 0;
     55                pe->flags = 0;
     56                std::string descr = "f";
     57                descr += gk->in_format;
     58                descr += " -> f";
     59                descr += gk->out_format;
     60                descr += " : ";
     61                descr += gk->name;
     62                gcnames.push_back(descr);
     63                pe->name = descr.c_str();
     64                pe->type = "d 0 1";
     65                pe->help = gk->info;
     66        }
     67        pe->id = 0;
    6868}
    6969
    7070GenoConvParam::~GenoConvParam()
    7171{
    72 freetab();
     72        freetab();
    7373}
    7474
    7575void *GenoConvParam::getTarget(int i)
    7676{
    77 GenoConverter *gk=(GenoConverter *)gcm->converters(i);
    78 return &gk->enabled;
     77        GenoConverter *gk = (GenoConverter *)gcm->converters(i);
     78        return &gk->enabled;
    7979}
    8080
    8181GenoConvManager::GenoConvManager()
    82         :param(this)
     82:param(this)
    8383{
    8484}
     
    8686GenoConvManager::~GenoConvManager()
    8787{
    88 GenoConverter *gc;
    89 for (converters.start();gc=(GenoConverter*)converters();) delete gc;
     88        FOREACH(GenoConverter*, gc, converters) delete gc;
    9089}
    9190
    9291void GenoConvManager::addConverter(GenoConverter *gc)
    9392{
    94 converters+=gc;
    95 param.updatetab();
     93        converters += gc;
     94        param.updatetab();
    9695}
    9796void GenoConvManager::removeConverter(GenoConverter *gc)
    9897{
    99 converters-=gc;
    100 param.updatetab();
    101 }
    102 
    103 GenoConverter *GenoConvManager::findConverters(SListTempl<GenoConverter*>* result,char in,char out,int enabled,char* name)
    104 {
    105 GenoConverter *gk,*retval=0;
    106 int i=0;
    107 for (;gk=(GenoConverter*)converters(i);i++)
    108         {
    109         if ((in!=-1)&&(in!=gk->in_format)) continue;
    110         if ((out!=-1)&&(out!=gk->out_format)) continue;
    111         if ((enabled!=-1)&&(enabled!=gk->enabled)) continue;
    112         if ((name)&&(strcmp(name,gk->name))) continue;
    113         if (!retval) {retval=gk; if (!result) break;}
    114         if (result) result->append(gk);
    115         }
    116 return retval;
    117 }
    118 
    119 /// write path into 'path'
     98        converters -= gc;
     99        param.updatetab();
     100}
     101
     102GenoConverter *GenoConvManager::findConverters(SListTempl<GenoConverter*>* result, char in, char out, int enabled, char* name)
     103{
     104        GenoConverter *gk, *retval = 0;
     105        int i = 0;
     106        for (; gk = (GenoConverter*)converters(i); i++)
     107        {
     108                if ((in != -1) && (in != gk->in_format)) continue;
     109                if ((out != -1) && (out != gk->out_format)) continue;
     110                if ((enabled != -1) && (enabled != gk->enabled)) continue;
     111                if ((name) && (strcmp(name, gk->name))) continue;
     112                if (!retval) { retval = gk; if (!result) break; }
     113                if (result) result->append(gk);
     114        }
     115        return retval;
     116}
     117
     118/// Writes path into 'path'.
    120119/// return the last path element (return >= path)
    121120/// null -> path not found
     
    123122/// (can be NULL if you don't need this information)
    124123
    125 char *GenoConvManager::getPath(char in,char out,char *path,int maxlen,int *mapavailable)
    126 {
    127 if (!maxlen) return 0;
    128 GenoConverter *gk;
    129 int i=0;
    130 for (;gk=(GenoConverter*)converters(i);i++)
    131         {
    132         if ((gk->enabled)&&(gk->in_format == in))
     124char *GenoConvManager::getPath(char in, char out, char *path, int maxlen, int *mapavailable)
     125{
     126        if (!maxlen) return 0;
     127        GenoConverter *gk;
     128        int i = 0;
     129        for (; gk = (GenoConverter*)converters(i); i++)
     130        {
     131                if ((gk->enabled) && (gk->in_format == in))
    133132                {
    134                 *path=(char)i;
    135                 if (gk->out_format == out)
    136                         {
    137                         if (mapavailable)
    138                                 *mapavailable=gk->mapsupport;
    139                         return path;
    140                         }
    141                 else
    142                         {
    143                         int mapavail;
    144                         char *ret=getPath(gk->out_format,out,path+1,maxlen-1,&mapavail);
    145                         if (ret)
     133                        *path = (char)i;
     134                        if (gk->out_format == out)
     135                        {
     136                                if (mapavailable)
     137                                        *mapavailable = gk->mapsupport;
     138                                return path;
     139                        }
     140                        else
     141                        {
     142                                int mapavail;
     143                                char *ret = getPath(gk->out_format, out, path + 1, maxlen - 1, &mapavail);
     144                                if (ret)
    146145                                {
    147                                 if (mapavailable)
    148                                         *mapavailable=gk->mapsupport && mapavail;
    149                                 return ret;
     146                                        if (mapavailable)
     147                                                *mapavailable = gk->mapsupport && mapavail;
     148                                        return ret;
    150149                                }
    151150                        }
    152151                }
    153152        }
    154 return 0;
    155 }
    156 
    157 char *GenoConvManager::getFormatPath(char in,char out,char *path,int maxlen,int *mapavailable)
    158 {
    159 char *ret=getPath(in,out,path,maxlen,mapavailable);
    160 if (ret)
    161         {
    162         for (char*t=path;t<=ret;t++)
    163                 *t=((GenoConverter*)converters(*t))->out_format;
    164         }
    165 return ret;
    166 }
    167 
    168 Geno GenoConvManager::convert(Geno &in,char format,MultiMap *map)
    169 {
    170 if (in.getFormat()==format) return in;
    171 char path[10];
    172 int dep;
    173 char *ret;
    174 if (in.isInvalid()) { return Geno("",0,"","invalid genotype cannot be converted"); }
    175 int mapavail;
    176 for (dep=1;dep<(int)sizeof(path);dep++) // sogenannte iteracyjne poglebianie...
    177         if (ret=getPath(in.getFormat(),format,path,dep,&mapavail)) break;
    178 if (!ret) { return Geno("",0,"","converter not found"); }
    179 if (!map) mapavail=0;
    180 char *t=path;
    181 SString tmp;
    182 tmp=in.getGene();
    183 MultiMap lastmap,tmpmap;
    184 int firstmap=1;
    185 for (;t<=ret;t++)
    186         {
    187         GenoConverter *gk=(GenoConverter*)converters(*t);
    188         tmp=gk->convert(tmp,mapavail?&tmpmap:0);
    189         if (!tmp.len())
     153        return 0;
     154}
     155
     156char *GenoConvManager::getFormatPath(char in, char out, char *path, int maxlen, int *mapavailable)
     157{
     158        char *ret = getPath(in, out, path, maxlen, mapavailable);
     159        if (ret)
     160        {
     161                for (char*t = path; t <= ret; t++)
     162                        *t = ((GenoConverter*)converters(*t))->out_format;
     163        }
     164        return ret;
     165}
     166
     167Geno GenoConvManager::convert(Geno &in, char format, MultiMap *map, bool *converter_missing)
     168{
     169        if (in.getFormat() == format) { if (converter_missing) *converter_missing = false; return in; }
     170        char path[10];
     171        int dep;
     172        char *ret;
     173        if (in.isInvalid()) { if (converter_missing) *converter_missing = false; return Geno("", 0, "", "invalid genotype cannot be converted"); }
     174        int mapavail;
     175        for (dep = 1; dep < (int)sizeof(path); dep++) //iterative deepening
     176                if (ret = getPath(in.getFormat(), format, path, dep, &mapavail)) break;
     177        if (!ret) { if (converter_missing) *converter_missing = true; return Geno("", 0, "", "converter not found"); }
     178        if (converter_missing) *converter_missing = false;
     179        if (!map) mapavail = 0;
     180        char *t = path;
     181        SString tmp;
     182        tmp = in.getGene();
     183        MultiMap lastmap, tmpmap;
     184        int firstmap = 1;
     185        for (; t <= ret; t++)
     186        {
     187                GenoConverter *gk = (GenoConverter*)converters(*t);
     188                tmp = gk->convert(tmp, mapavail ? &tmpmap : 0);
     189                if (!tmp.len())
    190190                {
    191                 char t[100];
    192                 sprintf(t,"f%c->f%c conversion failed (%s)",gk->in_format,gk->out_format,gk->name);
    193                 return Geno(0,0,0,t);
     191                        char t[100];
     192                        sprintf(t, "f%c->f%c conversion failed (%s)", gk->in_format, gk->out_format, gk->name);
     193                        return Geno(0, 0, 0, t);
    194194                }
    195         if (mapavail)
     195                if (mapavail)
    196196                {
    197                 if (firstmap)
    198                         {
    199                         lastmap=tmpmap;
    200                         firstmap=0;
    201                         }
    202                 else
    203                         {
    204                         MultiMap m;
    205                         m.addCombined(lastmap,tmpmap);
    206                         lastmap=m;
    207                         }
    208                 tmpmap.clear();
     197                        if (firstmap)
     198                        {
     199                                lastmap = tmpmap;
     200                                firstmap = 0;
     201                        }
     202                        else
     203                        {
     204                                MultiMap m;
     205                                m.addCombined(lastmap, tmpmap);
     206                                lastmap = m;
     207                        }
     208                        tmpmap.clear();
    209209                }
    210210        }
    211 if (map)
    212         *map=lastmap;
    213 return Geno(tmp, format, in.getName(), in.getComment());
    214 }
     211        if (map)
     212                *map = lastmap;
     213        return Geno(tmp, format, in.getName(), in.getComment());
     214}
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.