[349] | 1 | // This file is a part of Framsticks SDK. http://www.framsticks.com/ |
---|
| 2 | // Copyright (C) 1999-2015 Maciej Komosinski and Szymon Ulatowski. |
---|
| 3 | // See LICENSE.txt for details. |
---|
| 4 | |
---|
| 5 | // simil_model.cpp: implementation of the ModelSimil class. |
---|
| 6 | // |
---|
| 7 | ////////////////////////////////////////////////////////////////////// |
---|
| 8 | #include "SVD/matrix_tools.h" |
---|
| 9 | #include "simil_model.h" |
---|
| 10 | #include "simil_match.h" |
---|
| 11 | #include "frams/model/modelparts.h" |
---|
| 12 | #include "frams/util/list.h" |
---|
| 13 | #include "common/nonstd.h" |
---|
| 14 | #include <frams/vm/classes/genoobj.h> |
---|
| 15 | #include <stdlib.h> |
---|
| 16 | #include <math.h> |
---|
| 17 | #include <string> |
---|
| 18 | #include <limits> |
---|
| 19 | #include <assert.h> |
---|
| 20 | #include <vector> |
---|
| 21 | #include <algorithm> |
---|
| 22 | |
---|
| 23 | #define DB(x) //define as x if you want to print debug information |
---|
| 24 | |
---|
| 25 | const int ModelSimil::iNOFactors = 4; |
---|
| 26 | //depth of the fuzzy neighbourhood |
---|
| 27 | int fuzDepth = 0; |
---|
| 28 | |
---|
| 29 | #define FIELDSTRUCT ModelSimil |
---|
| 30 | |
---|
| 31 | static ParamEntry MSparam_tab[] = { |
---|
[362] | 32 | {"Creature: Similarity", 1, 5, "ModelSimilarity", "Evaluates morphological dissimilarity. More information:\nhttp://www.framsticks.com/node/795\nhttp://www.framsticks.com/node/890", }, |
---|
| 33 | {"simil_parts", 0, 0, "Weight of parts count", "f 0 100 0", FIELD(m_adFactors[0]), "Differing number of parts is also handled by the 'part degree' similarity component.",}, |
---|
[349] | 34 | {"simil_partdeg", 0, 0, "Weight of parts' degree", "f 0 100 1", FIELD(m_adFactors[1]), "",}, |
---|
[356] | 35 | {"simil_neuro", 0, 0, "Weight of neurons count", "f 0 100 0.1", FIELD(m_adFactors[2]), "",}, |
---|
| 36 | {"simil_partgeom", 0, 0, "Weight of parts' geometric distances", "f 0 100 0", FIELD(m_adFactors[3]), "",}, |
---|
[349] | 37 | {"evaluateDistance", 0, PARAM_DONTSAVE | PARAM_USERHIDDEN, "evaluate model dissimilarity", "p f(oGeno,oGeno)", PROCEDURE(p_evaldistance), "Calculates dissimilarity between two models created from Geno objects.",}, |
---|
| 38 | {0,}, |
---|
| 39 | }; |
---|
| 40 | |
---|
| 41 | #undef FIELDSTRUCT |
---|
| 42 | |
---|
| 43 | ////////////////////////////////////////////////////////////////////// |
---|
| 44 | // Construction/Destruction |
---|
| 45 | ////////////////////////////////////////////////////////////////////// |
---|
| 46 | |
---|
| 47 | /** Constructor. Sets default weights. Initializes other fields with zeros. |
---|
| 48 | */ |
---|
[356] | 49 | ModelSimil::ModelSimil() : localpar(MSparam_tab, this), m_iDV(0), m_iDD(0), m_iDN(0), m_dDG(0.0) |
---|
[349] | 50 | { |
---|
[362] | 51 | localpar.setDefault(); |
---|
[349] | 52 | |
---|
| 53 | m_Gen[0] = NULL; |
---|
| 54 | m_Gen[1] = NULL; |
---|
| 55 | m_Mod[0] = NULL; |
---|
| 56 | m_Mod[1] = NULL; |
---|
| 57 | m_aDegrees[0] = NULL; |
---|
| 58 | m_aDegrees[1] = NULL; |
---|
| 59 | m_aPositions[0] = NULL; |
---|
| 60 | m_aPositions[1] = NULL; |
---|
| 61 | m_fuzzyNeighb[0] = NULL; |
---|
| 62 | m_fuzzyNeighb[1] = NULL; |
---|
| 63 | m_Neighbours[0] = NULL; |
---|
| 64 | m_Neighbours[1] = NULL; |
---|
| 65 | m_pMatching = NULL; |
---|
| 66 | |
---|
[362] | 67 | //Determines whether "fuzzy vertex degree" should be used. |
---|
| 68 | //Currently "fuzzy vertex degree" is inactive. |
---|
[349] | 69 | isFuzzy = 0; |
---|
| 70 | fuzzyDepth = 10; |
---|
| 71 | } |
---|
| 72 | |
---|
| 73 | /** Evaluates distance between two given genotypes. The distance depends strongly |
---|
| 74 | on weights set. |
---|
| 75 | @param G0 Pointer to the first of compared genotypes |
---|
| 76 | @param G1 Pointer to the second of compared genotypes. |
---|
| 77 | @return Distance between two genotypes. |
---|
| 78 | @sa m_adFactors, matching_method |
---|
| 79 | */ |
---|
| 80 | double ModelSimil::EvaluateDistance(const Geno *G0, const Geno *G1) |
---|
| 81 | { |
---|
| 82 | double dResult = 0; |
---|
| 83 | |
---|
| 84 | m_Gen[0] = G0; |
---|
| 85 | m_Gen[1] = G1; |
---|
| 86 | |
---|
| 87 | // check whether pointers are not NULL |
---|
| 88 | if (m_Gen[0] == NULL || m_Gen[1] == NULL) |
---|
| 89 | { |
---|
| 90 | DB(printf("ModelSimil::EvaluateDistance - invalid genotypes pointers\n");) |
---|
| 91 | return 0.0; |
---|
| 92 | } |
---|
| 93 | // create models of objects to compare |
---|
| 94 | m_Mod[0] = new Model(*(m_Gen[0])); |
---|
| 95 | m_Mod[1] = new Model(*(m_Gen[1])); |
---|
| 96 | |
---|
| 97 | // validate models |
---|
| 98 | if (m_Mod[0] == NULL || m_Mod[1] == NULL || !(m_Mod[0]->isValid()) || !(m_Mod[1]->isValid())) |
---|
| 99 | { |
---|
| 100 | DB(printf("ModelSimil::EvaluateDistance - invalid models pointers\n");) |
---|
| 101 | return 0.0; |
---|
| 102 | } |
---|
| 103 | |
---|
| 104 | // difference in the number of vertices (Parts) - positive |
---|
| 105 | // find object that has less parts (m_iSmaller) |
---|
| 106 | m_iDV = (m_Mod[0]->getPartCount() - m_Mod[1]->getPartCount()); |
---|
| 107 | if (m_iDV > 0) |
---|
| 108 | m_iSmaller = 1; |
---|
| 109 | else |
---|
| 110 | { |
---|
| 111 | m_iSmaller = 0; |
---|
| 112 | m_iDV = -m_iDV; |
---|
| 113 | } |
---|
| 114 | |
---|
| 115 | // check if index of the smaller organism is a valid index |
---|
| 116 | assert((m_iSmaller == 0) || (m_iSmaller == 1)); |
---|
| 117 | // validate difference in the parts number |
---|
| 118 | assert(m_iDV >= 0); |
---|
| 119 | |
---|
| 120 | // create Parts matching object |
---|
| 121 | m_pMatching = new SimilMatching(m_Mod[ 0 ]->getPartCount(), m_Mod[ 1 ]->getPartCount()); |
---|
| 122 | // validate matching object |
---|
| 123 | assert(m_pMatching != NULL); |
---|
| 124 | assert(m_pMatching->IsEmpty() == true); |
---|
| 125 | |
---|
| 126 | |
---|
| 127 | // assign matching function |
---|
| 128 | int (ModelSimil::* pfMatchingFunction) () = NULL; |
---|
| 129 | |
---|
| 130 | pfMatchingFunction = &ModelSimil::MatchPartsGeometry; |
---|
| 131 | |
---|
| 132 | // match Parts (vertices of creatures) |
---|
| 133 | if ((this->*pfMatchingFunction)() == 0) |
---|
| 134 | { |
---|
| 135 | DB(printf("ModelSimil::EvaluateDistance - MatchParts() error\n");) |
---|
| 136 | return 0.0; |
---|
| 137 | } |
---|
| 138 | |
---|
| 139 | // after matching function call we must have full matching |
---|
| 140 | assert(m_pMatching->IsFull() == true); |
---|
| 141 | |
---|
| 142 | DB(SaveIntermediateFiles();) |
---|
| 143 | |
---|
| 144 | // count differences in matched parts |
---|
| 145 | if (CountPartsDistance() == 0) |
---|
| 146 | { |
---|
| 147 | DB(printf("ModelSimil::EvaluateDistance - CountPartDistance() error\n");) |
---|
| 148 | return 0.0; |
---|
| 149 | } |
---|
| 150 | |
---|
| 151 | // delete degree arrays created in CreatePartInfoTables |
---|
| 152 | SAFEDELETEARRAY(m_aDegrees[0]); |
---|
| 153 | SAFEDELETEARRAY(m_aDegrees[1]); |
---|
| 154 | |
---|
| 155 | // and position arrays |
---|
| 156 | SAFEDELETEARRAY(m_aPositions[0]); |
---|
| 157 | SAFEDELETEARRAY(m_aPositions[1]); |
---|
| 158 | |
---|
| 159 | // in fuzzy mode delete arrays of neighbourhood and fuzzy neighbourhood |
---|
| 160 | if (isFuzzy) |
---|
| 161 | { |
---|
| 162 | for (int i = 0; i != 2; ++i) |
---|
| 163 | { |
---|
| 164 | for (int j = 0; j != m_Mod[i]->getPartCount(); ++j) |
---|
| 165 | { |
---|
| 166 | delete[] m_Neighbours[i][j]; |
---|
| 167 | delete[] m_fuzzyNeighb[i][j]; |
---|
| 168 | } |
---|
| 169 | delete[] m_Neighbours[i]; |
---|
| 170 | delete[] m_fuzzyNeighb[i]; |
---|
| 171 | } |
---|
| 172 | |
---|
| 173 | } |
---|
| 174 | |
---|
| 175 | // delete created models |
---|
| 176 | SAFEDELETE(m_Mod[0]); |
---|
| 177 | SAFEDELETE(m_Mod[1]); |
---|
| 178 | |
---|
| 179 | // delete created matching |
---|
| 180 | SAFEDELETE(m_pMatching); |
---|
| 181 | |
---|
| 182 | dResult = m_adFactors[0] * double(m_iDV) + |
---|
| 183 | m_adFactors[1] * double(m_iDD) + |
---|
| 184 | m_adFactors[2] * double(m_iDN) + |
---|
| 185 | m_adFactors[3] * double(m_dDG); |
---|
| 186 | |
---|
| 187 | return dResult; |
---|
| 188 | } |
---|
| 189 | |
---|
| 190 | ModelSimil::~ModelSimil() |
---|
| 191 | { |
---|
| 192 | // matching should have been deleted earlier |
---|
| 193 | assert(m_pMatching == NULL); |
---|
| 194 | } |
---|
| 195 | |
---|
| 196 | /** Creates files matching.txt, org0.txt and org1.txt containing information |
---|
| 197 | * about the matching and both organisms for visualization purpose. |
---|
| 198 | */ |
---|
| 199 | void ModelSimil::SaveIntermediateFiles() |
---|
| 200 | { |
---|
| 201 | assert(m_pMatching->IsFull() == true); |
---|
| 202 | printf("Saving the matching to file 'matching.txt'\n"); |
---|
| 203 | FILE *pMatchingFile = NULL; |
---|
| 204 | // try to open the file |
---|
| 205 | pMatchingFile = fopen("matching.txt", "wt"); |
---|
| 206 | assert(pMatchingFile != NULL); |
---|
| 207 | |
---|
| 208 | int iOrgPart; // original index of a Part |
---|
| 209 | int nBigger; // index of the larger organism |
---|
| 210 | |
---|
| 211 | // check which object is bigger |
---|
| 212 | if (m_pMatching->GetObjectSize(0) >= m_pMatching->GetObjectSize(1)) |
---|
| 213 | { |
---|
| 214 | nBigger = 0; |
---|
| 215 | } |
---|
| 216 | else |
---|
| 217 | { |
---|
| 218 | nBigger = 1; |
---|
| 219 | } |
---|
| 220 | |
---|
| 221 | // print first line - original indices of Parts of the bigger organism |
---|
| 222 | fprintf(pMatchingFile, "[ "); |
---|
| 223 | for (iOrgPart = 0; iOrgPart < m_pMatching->GetObjectSize(nBigger); iOrgPart++) |
---|
| 224 | { |
---|
| 225 | fprintf(pMatchingFile, "%2i ", iOrgPart); |
---|
| 226 | } |
---|
| 227 | fprintf(pMatchingFile, "] : ORG[%i]\n", nBigger); |
---|
| 228 | |
---|
| 229 | // print second line - matched original indices of the second organism |
---|
| 230 | fprintf(pMatchingFile, "[ "); |
---|
| 231 | for (iOrgPart = 0; iOrgPart < m_pMatching->GetObjectSize(nBigger); iOrgPart++) |
---|
| 232 | { |
---|
| 233 | int iSorted; // index of the iOrgPart after sorting (as used by matching) |
---|
| 234 | int iSortedMatched; // index of the matched Part (after sorting) |
---|
| 235 | int iOrginalMatched; // index of the matched Part (the original one) |
---|
| 236 | |
---|
| 237 | // find the index of iOrgPart after sorting (in m_aDegrees) |
---|
| 238 | for (iSorted = 0; iSorted < m_Mod[ nBigger ]->getPartCount(); iSorted++) |
---|
| 239 | { |
---|
| 240 | // for each iSorted, an index in the sorted m_aDegrees array |
---|
| 241 | if (m_aDegrees[ nBigger ][ iSorted ][ 0 ] == iOrgPart) |
---|
| 242 | { |
---|
| 243 | // if the iSorted Part is the one with iOrgPart as the orginal index |
---|
| 244 | // remember the index |
---|
| 245 | break; |
---|
| 246 | } |
---|
| 247 | } |
---|
| 248 | // if the index iSorted was found, then this condition is met |
---|
| 249 | assert(iSorted < m_Mod[ nBigger ]->getPartCount()); |
---|
| 250 | |
---|
| 251 | // find the matched sorted index |
---|
| 252 | if (m_pMatching->IsMatched(nBigger, iSorted)) |
---|
| 253 | { |
---|
| 254 | // if Part iOrgPart is matched |
---|
| 255 | // then get the matched Part (sorted) index |
---|
| 256 | iSortedMatched = m_pMatching->GetMatchedIndex(nBigger, iSorted); |
---|
| 257 | assert(iSortedMatched >= 0); |
---|
| 258 | // and find its original index |
---|
| 259 | iOrginalMatched = m_aDegrees[ 1 - nBigger ][ iSortedMatched ][ 0 ]; |
---|
| 260 | fprintf(pMatchingFile, "%2i ", iOrginalMatched); |
---|
| 261 | } |
---|
| 262 | else |
---|
| 263 | { |
---|
| 264 | // if the Part iOrgPart is not matched |
---|
| 265 | // just print "X" |
---|
| 266 | fprintf(pMatchingFile, " X "); |
---|
| 267 | } |
---|
| 268 | } // for ( iOrgPart ) |
---|
| 269 | |
---|
| 270 | // now all matched Part indices are printed out, end the line |
---|
| 271 | fprintf(pMatchingFile, "] : ORG[%i]\n", 1 - nBigger); |
---|
| 272 | |
---|
| 273 | // close the file |
---|
| 274 | fclose(pMatchingFile); |
---|
| 275 | // END TEMP |
---|
| 276 | |
---|
| 277 | // TEMP |
---|
| 278 | // print out the 2D positions of Parts of both of the organisms |
---|
| 279 | // to files "org0.txt" and "org1.txt" using the original indices of Parts |
---|
| 280 | int iModel; // index of a model (an organism) |
---|
| 281 | FILE *pModelFile; |
---|
| 282 | for (iModel = 0; iModel < 2; iModel++) |
---|
| 283 | { |
---|
| 284 | // for each iModel, a model of a compared organism |
---|
| 285 | // write its (only 2D) positions to a file "org<iModel>.txt" |
---|
| 286 | // construct the model filename "org<iModel>.txt" |
---|
| 287 | std::string sModelFilename("org"); |
---|
| 288 | // char *szModelIndex = "0"; // the index of the model (iModel) in the character form |
---|
| 289 | char szModelIndex[2]; |
---|
| 290 | sprintf(szModelIndex, "%i", iModel); |
---|
| 291 | sModelFilename += szModelIndex; |
---|
| 292 | sModelFilename += ".txt"; |
---|
| 293 | // open the file for writing |
---|
| 294 | pModelFile = fopen(sModelFilename.c_str(), "wt"); //FOPEN_WRITE |
---|
| 295 | assert(pModelFile != NULL); |
---|
| 296 | // write the 2D positions of iModel to the file |
---|
| 297 | int iOriginalPart; // an original index of a Part |
---|
| 298 | for (iOriginalPart = 0; iOriginalPart < m_Mod[ iModel ]->getPartCount(); iOriginalPart++) |
---|
| 299 | { |
---|
| 300 | // for each iOriginalPart, a Part of the organism iModel |
---|
| 301 | // get the 2D coordinates of the Part |
---|
| 302 | double dPartX = m_aPositions[ iModel ][ iOriginalPart ].x; |
---|
| 303 | double dPartY = m_aPositions[ iModel ][ iOriginalPart ].y; |
---|
| 304 | // print the line: <iOriginalPart> <dPartX> <dPartY> |
---|
| 305 | fprintf(pModelFile, "%i %.4lf %.4lf\n", iOriginalPart, dPartX, dPartY); |
---|
| 306 | } |
---|
| 307 | // close the file |
---|
| 308 | fclose(pModelFile); |
---|
| 309 | } |
---|
| 310 | } |
---|
| 311 | |
---|
| 312 | /** Comparison function required for qsort() call. Used while sorting groups of |
---|
| 313 | Parts with respect to degree. Compares two TDN structures |
---|
| 314 | with respect to their [1] field (degree). Highest degree goes first. |
---|
| 315 | @param pElem1 Pointer to the TDN structure of some Part. |
---|
| 316 | @param pElem2 Pointer to the TDN structure of some Part. |
---|
| 317 | @return (-1) - pElem1 should go first, 0 - equal, (1) - pElem2 should go first. |
---|
| 318 | */ |
---|
| 319 | int ModelSimil::CompareDegrees(const void *pElem1, const void *pElem2) |
---|
| 320 | { |
---|
| 321 | int *tdn1 = (int *) pElem1; |
---|
| 322 | int *tdn2 = (int *) pElem2; |
---|
| 323 | |
---|
| 324 | if (tdn1[1] > tdn2[1]) |
---|
| 325 | { |
---|
| 326 | // when degree - tdn1[1] - is BIGGER |
---|
| 327 | return -1; |
---|
| 328 | } |
---|
| 329 | else |
---|
| 330 | if (tdn1[1] < tdn2[1]) |
---|
| 331 | { |
---|
| 332 | // when degree - tdn2[1] - is BIGGER |
---|
| 333 | return 1; |
---|
| 334 | } |
---|
| 335 | else |
---|
| 336 | { |
---|
| 337 | return 0; |
---|
| 338 | } |
---|
| 339 | } |
---|
| 340 | |
---|
| 341 | /** Comparison function required for qsort() call. Used while sorting groups of Parts with |
---|
| 342 | the same degree. Firstly, compare NIt. Secondly, compare Neu. If both are equal - |
---|
| 343 | compare Parts' original index (they are never equal). So this sorting assures |
---|
| 344 | that the order obtained is deterministic. |
---|
| 345 | @param pElem1 Pointer to the TDN structure of some Part. |
---|
| 346 | @param pElem2 Pointer to the TDN structure of some Part. |
---|
| 347 | @return (-1) - pElem1 should go first, 0 - equal, (1) - pElem2 should go first. |
---|
| 348 | */ |
---|
| 349 | int ModelSimil::CompareConnsNo(const void *pElem1, const void *pElem2) |
---|
| 350 | { |
---|
| 351 | // pointers to TDN arrays |
---|
| 352 | int *tdn1, *tdn2; |
---|
| 353 | // definitions of elements being compared |
---|
| 354 | tdn1 = (int *) pElem1; |
---|
| 355 | tdn2 = (int *) pElem2; |
---|
| 356 | |
---|
| 357 | // comparison according to Neural Connections (to jest TDN[2]) |
---|
| 358 | if (tdn1[NEURO_CONNS] > tdn1[NEURO_CONNS]) |
---|
| 359 | { |
---|
| 360 | // when number of NConn Elem1 is BIGGER |
---|
| 361 | return -1; |
---|
| 362 | } |
---|
| 363 | else |
---|
| 364 | if (tdn1[NEURO_CONNS] < tdn1[NEURO_CONNS]) |
---|
| 365 | { |
---|
| 366 | // when number of NConn Elem1 is SMALLER |
---|
| 367 | return 1; |
---|
| 368 | } |
---|
| 369 | else |
---|
| 370 | { |
---|
| 371 | // when numbers of NConn are EQUAL |
---|
| 372 | // compare Neu numbers (TDN[3]) |
---|
| 373 | if (tdn1[NEURONS] > tdn2[NEURONS]) |
---|
| 374 | { |
---|
| 375 | // when number of Neu is BIGGER for Elem1 |
---|
| 376 | return -1; |
---|
| 377 | } |
---|
| 378 | else |
---|
| 379 | if (tdn1[NEURONS] < tdn2[NEURONS]) |
---|
| 380 | { |
---|
| 381 | // when number of Neu is SMALLER for Elem1 |
---|
| 382 | return 1; |
---|
| 383 | } |
---|
| 384 | else |
---|
| 385 | { |
---|
| 386 | // when numbers of Nconn and Neu are equal we check original indices |
---|
| 387 | // of Parts being compared |
---|
| 388 | |
---|
| 389 | // comparison according to OrgIndex |
---|
| 390 | if (tdn1[ORIG_IND] > tdn2[ORIG_IND]) |
---|
| 391 | { |
---|
| 392 | // when the number of NIt Deg1 id BIGGER |
---|
| 393 | return -1; |
---|
| 394 | } |
---|
| 395 | else |
---|
| 396 | if (tdn1[ORIG_IND] < tdn2[ORIG_IND]) |
---|
| 397 | { |
---|
| 398 | // when the number of NIt Deg1 id SMALLER |
---|
| 399 | return 1; |
---|
| 400 | } |
---|
| 401 | else |
---|
| 402 | { |
---|
| 403 | // impossible, indices are alway different |
---|
| 404 | return 0; |
---|
| 405 | } |
---|
| 406 | } |
---|
| 407 | } |
---|
| 408 | } |
---|
| 409 | |
---|
| 410 | /** Returns number of factors involved in final distance computation. |
---|
| 411 | These factors include differences in numbers of parts, degrees, |
---|
| 412 | number of neurons. |
---|
| 413 | */ |
---|
| 414 | int ModelSimil::GetNOFactors() |
---|
| 415 | { |
---|
| 416 | return ModelSimil::iNOFactors; |
---|
| 417 | } |
---|
| 418 | |
---|
| 419 | /** Prints the array of degrees for the given organism. Debug method. |
---|
| 420 | */ |
---|
| 421 | void ModelSimil::_PrintDegrees(int i) |
---|
| 422 | { |
---|
| 423 | int j; |
---|
| 424 | printf("Organizm %i :", i); |
---|
| 425 | printf("\n "); |
---|
| 426 | for (j = 0; j < m_Mod[i]->getPartCount(); j++) |
---|
| 427 | printf("%3i ", j); |
---|
| 428 | printf("\nInd: "); |
---|
| 429 | for (j = 0; j < m_Mod[i]->getPartCount(); j++) |
---|
| 430 | printf("%3i ", (int) m_aDegrees[i][j][0]); |
---|
| 431 | printf("\nDeg: "); |
---|
| 432 | for (j = 0; j < m_Mod[i]->getPartCount(); j++) |
---|
| 433 | printf("%3i ", (int) m_aDegrees[i][j][1]); |
---|
| 434 | printf("\nNIt: "); |
---|
| 435 | for (j = 0; j < m_Mod[i]->getPartCount(); j++) |
---|
| 436 | printf("%3i ", (int) m_aDegrees[i][j][2]); |
---|
| 437 | printf("\nNeu: "); |
---|
| 438 | for (j = 0; j < m_Mod[i]->getPartCount(); j++) |
---|
| 439 | printf("%3i ", (int) m_aDegrees[i][j][3]); |
---|
| 440 | printf("\n"); |
---|
| 441 | } |
---|
| 442 | |
---|
| 443 | /** Prints one array of ints. Debug method. |
---|
| 444 | @param array Base pointer of the array. |
---|
| 445 | @param base First index of the array's element. |
---|
| 446 | @param size Number of elements to print. |
---|
| 447 | */ |
---|
| 448 | void ModelSimil::_PrintArray(int *array, int base, int size) |
---|
| 449 | { |
---|
| 450 | int i; |
---|
| 451 | for (i = base; i < base + size; i++) |
---|
| 452 | { |
---|
| 453 | printf("%i ", array[i]); |
---|
| 454 | } |
---|
| 455 | printf("\n"); |
---|
| 456 | } |
---|
| 457 | |
---|
| 458 | void ModelSimil::_PrintArrayDouble(double *array, int base, int size) |
---|
| 459 | { |
---|
| 460 | int i; |
---|
| 461 | for (i = base; i < base + size; i++) |
---|
| 462 | { |
---|
| 463 | printf("%f ", array[i]); |
---|
| 464 | } |
---|
| 465 | printf("\n"); |
---|
| 466 | } |
---|
| 467 | |
---|
| 468 | /** Prints one array of parts neighbourhood. |
---|
| 469 | @param index of organism |
---|
| 470 | */ |
---|
| 471 | void ModelSimil::_PrintNeighbourhood(int o) |
---|
| 472 | { |
---|
| 473 | assert(m_Neighbours[o] != 0); |
---|
| 474 | printf("Neighbourhhod of organism %i\n", o); |
---|
| 475 | int size = m_Mod[o]->getPartCount(); |
---|
| 476 | for (int i = 0; i < size; i++) |
---|
| 477 | { |
---|
| 478 | for (int j = 0; j < size; j++) |
---|
| 479 | { |
---|
| 480 | printf("%i ", m_Neighbours[o][i][j]); |
---|
| 481 | } |
---|
| 482 | printf("\n"); |
---|
| 483 | } |
---|
| 484 | } |
---|
| 485 | |
---|
| 486 | /** Creates arrays holding information about organisms' Parts (m_aDegrees) andm_Neigh |
---|
| 487 | fills them with initial data (original indices and zeros). |
---|
| 488 | Assumptions: |
---|
| 489 | - Models (m_Mod) are created and available. |
---|
| 490 | */ |
---|
| 491 | int ModelSimil::CreatePartInfoTables() |
---|
| 492 | { |
---|
| 493 | // check assumptions about models |
---|
| 494 | assert((m_Mod[0] != NULL) && (m_Mod[1] != NULL)); |
---|
| 495 | assert(m_Mod[0]->isValid() && m_Mod[1]->isValid()); |
---|
| 496 | |
---|
| 497 | int i, j, partCount; |
---|
| 498 | // utwórz tablice na informacje o stopniach wierzchołków i liczbie neuroitems |
---|
| 499 | for (i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 500 | { |
---|
| 501 | partCount = m_Mod[i]->getPartCount(); |
---|
| 502 | // utworz i wypelnij tablice dla Parts wartosciami poczatkowymi |
---|
| 503 | m_aDegrees[i] = new TDN[ partCount ]; |
---|
| 504 | |
---|
| 505 | if (isFuzzy) |
---|
| 506 | { |
---|
| 507 | m_Neighbours[i] = new int*[ partCount ]; |
---|
| 508 | m_fuzzyNeighb[i] = new float*[ partCount]; |
---|
| 509 | } |
---|
| 510 | |
---|
| 511 | if (m_aDegrees[i] != NULL && (isFuzzy != 1 || (m_Neighbours[i] != NULL && m_fuzzyNeighb[i] != NULL))) |
---|
| 512 | { |
---|
| 513 | // wypelnij tablice zgodnie z sensem TDN[0] - orginalny index |
---|
| 514 | // TDN[1], TDN[2], TDN[3] - zerami |
---|
| 515 | DB(printf("m_aDegrees[%i]: %p\n", i, m_aDegrees[i]);) |
---|
| 516 | for (j = 0; j < partCount; j++) |
---|
| 517 | { |
---|
| 518 | m_aDegrees[i][j][0] = j; |
---|
| 519 | m_aDegrees[i][j][1] = 0; |
---|
| 520 | m_aDegrees[i][j][2] = 0; |
---|
| 521 | m_aDegrees[i][j][3] = 0; |
---|
| 522 | m_aDegrees[i][j][4] = 0; |
---|
| 523 | |
---|
| 524 | // sprawdz, czy nie piszemy po jakims szalonym miejscu pamieci |
---|
| 525 | assert(m_aDegrees[i][j] != NULL); |
---|
| 526 | |
---|
| 527 | if (isFuzzy) |
---|
| 528 | { |
---|
| 529 | m_Neighbours[i][j] = new int[partCount]; |
---|
| 530 | for (int k = 0; k < partCount; k++) |
---|
| 531 | { |
---|
| 532 | m_Neighbours[i][j][k] = 0; |
---|
| 533 | } |
---|
| 534 | |
---|
| 535 | m_fuzzyNeighb[i][j] = new float[fuzzyDepth]; |
---|
| 536 | for (int k = 0; k < fuzzyDepth; k++) |
---|
| 537 | { |
---|
| 538 | m_fuzzyNeighb[i][j][k] = 0; |
---|
| 539 | } |
---|
| 540 | |
---|
| 541 | assert(m_Neighbours[i][j] != NULL); |
---|
| 542 | assert(m_fuzzyNeighb[i][j] != NULL); |
---|
| 543 | } |
---|
| 544 | |
---|
| 545 | } |
---|
| 546 | } |
---|
| 547 | else |
---|
| 548 | { |
---|
| 549 | DB(printf("ModelSimil::EvaluateDistance - nie ma pamieci na Degrees\n");) |
---|
| 550 | return 0; |
---|
| 551 | } |
---|
| 552 | // utworz tablice dla pozycji 3D Parts (wielkosc tablicy: liczba Parts organizmu) |
---|
| 553 | m_aPositions[ i ] = new Pt3D[ m_Mod[i]->getPartCount() ]; |
---|
| 554 | assert(m_aPositions[ i ] != NULL); |
---|
| 555 | // wypelnij tablice OnJoints i Anywhere wartościami początkowymi |
---|
| 556 | // OnJoint |
---|
| 557 | m_aOnJoint[i][0] = 0; |
---|
| 558 | m_aOnJoint[i][1] = 0; |
---|
| 559 | m_aOnJoint[i][2] = 0; |
---|
| 560 | m_aOnJoint[i][3] = 0; |
---|
| 561 | // Anywhere |
---|
| 562 | m_aAnywhere[i][0] = 0; |
---|
| 563 | m_aAnywhere[i][1] = 0; |
---|
| 564 | m_aAnywhere[i][2] = 0; |
---|
| 565 | m_aAnywhere[i][3] = 0; |
---|
| 566 | } |
---|
| 567 | return 1; |
---|
| 568 | } |
---|
| 569 | |
---|
| 570 | /** Computes degrees of Parts of both organisms. Fills in the m_aDegrees arrays |
---|
| 571 | with proper information about degrees. |
---|
| 572 | Assumptions: |
---|
| 573 | - Models (m_Mod) are created and available. |
---|
| 574 | - Arrays m_aDegrees are created. |
---|
| 575 | */ |
---|
| 576 | int ModelSimil::CountPartDegrees() |
---|
| 577 | { |
---|
| 578 | // sprawdz zalozenie - o modelach |
---|
| 579 | assert((m_Mod[0] != NULL) && (m_Mod[1] != NULL)); |
---|
| 580 | assert(m_Mod[0]->isValid() && m_Mod[1]->isValid()); |
---|
| 581 | |
---|
| 582 | // sprawdz zalozenie - o tablicach |
---|
| 583 | assert(m_aDegrees[0] != NULL); |
---|
| 584 | assert(m_aDegrees[1] != NULL); |
---|
| 585 | |
---|
| 586 | Part *P1, *P2; |
---|
| 587 | int i, j, i1, i2; |
---|
| 588 | |
---|
| 589 | // dla obu stworzen oblicz stopnie wierzcholkow |
---|
| 590 | for (i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 591 | { |
---|
| 592 | // dla wszystkich jointow |
---|
| 593 | for (j = 0; j < m_Mod[i]->getJointCount(); j++) |
---|
| 594 | { |
---|
| 595 | // pobierz kolejny Joint |
---|
| 596 | Joint *J = m_Mod[i]->getJoint(j); |
---|
| 597 | // wez jego konce |
---|
| 598 | P1 = J->part1; |
---|
| 599 | P2 = J->part2; |
---|
| 600 | // znajdz ich indeksy w Modelu (indeksy orginalne) |
---|
| 601 | i1 = m_Mod[i]->findPart(P1); |
---|
| 602 | i2 = m_Mod[i]->findPart(P2); |
---|
| 603 | // zwieksz stopien odpowiednich Parts |
---|
| 604 | m_aDegrees[i][i1][DEGREE]++; |
---|
| 605 | m_aDegrees[i][i2][DEGREE]++; |
---|
| 606 | m_aDegrees[i][i1][FUZZ_DEG]++; |
---|
| 607 | m_aDegrees[i][i2][FUZZ_DEG]++; |
---|
| 608 | if (isFuzzy) |
---|
| 609 | { |
---|
| 610 | m_Neighbours[i][i1][i2] = 1; |
---|
| 611 | m_Neighbours[i][i2][i1] = 1; |
---|
| 612 | } |
---|
| 613 | } |
---|
| 614 | // dla elementow nie osadzonych na Parts (OnJoint, Anywhere) - |
---|
| 615 | // stopnie wierzchołka są już ustalone na zero |
---|
| 616 | } |
---|
| 617 | |
---|
| 618 | if (isFuzzy) |
---|
| 619 | { |
---|
| 620 | CountFuzzyNeighb(); |
---|
| 621 | } |
---|
| 622 | |
---|
| 623 | return 1; |
---|
| 624 | } |
---|
| 625 | |
---|
| 626 | void ModelSimil::GetNeighbIndexes(int mod, int partInd, std::vector<int> &indexes) |
---|
| 627 | { |
---|
| 628 | indexes.clear(); |
---|
| 629 | int i, size = m_Mod[mod]->getPartCount(); |
---|
| 630 | |
---|
| 631 | for (i = 0; i < size; i++) |
---|
| 632 | { |
---|
| 633 | if (m_Neighbours[mod][partInd][i] > 0) |
---|
| 634 | { |
---|
| 635 | indexes.push_back(i); |
---|
| 636 | } |
---|
| 637 | } |
---|
| 638 | } |
---|
| 639 | |
---|
| 640 | int cmpFuzzyRows(const void *pa, const void *pb) |
---|
| 641 | { |
---|
| 642 | float **a = (float**) pa; |
---|
| 643 | float **b = (float**) pb; |
---|
| 644 | |
---|
| 645 | |
---|
| 646 | for (int i = 1; i < fuzDepth; i++) |
---|
| 647 | { |
---|
| 648 | if (a[0][i] > b[0][i]) |
---|
| 649 | { |
---|
| 650 | |
---|
| 651 | return -1; |
---|
| 652 | } |
---|
| 653 | if (a[0][i] < b[0][i]) |
---|
| 654 | { |
---|
| 655 | |
---|
| 656 | return 1; |
---|
| 657 | } |
---|
| 658 | } |
---|
| 659 | |
---|
| 660 | return 0; |
---|
| 661 | } |
---|
| 662 | |
---|
| 663 | //store information about identity of parts "fuzzy degrees" in the m_aDegrees[4] |
---|
| 664 | void ModelSimil::CheckFuzzyIdentity() |
---|
| 665 | { |
---|
| 666 | int partCount = 0; |
---|
| 667 | for (int mod = 0; mod < 2; mod++) |
---|
| 668 | { |
---|
| 669 | //for subsequent pairs of parts |
---|
| 670 | partCount = m_Mod[mod]->getPartCount(); |
---|
| 671 | m_aDegrees[mod][partCount - 1][FUZZ_DEG] = 0; |
---|
| 672 | for (int partInd = (partCount - 2); partInd >= 0; partInd--) |
---|
| 673 | { |
---|
| 674 | m_aDegrees[mod][partInd][FUZZ_DEG] = m_aDegrees[mod][partInd + 1][FUZZ_DEG]; |
---|
| 675 | for (int depth = 1; depth < fuzzyDepth; depth++) |
---|
| 676 | { |
---|
| 677 | if (m_fuzzyNeighb[mod][partInd][depth] != m_fuzzyNeighb[mod][partInd + 1][depth]) |
---|
| 678 | { |
---|
| 679 | m_aDegrees[mod][partInd][FUZZ_DEG] += 1; |
---|
| 680 | break; |
---|
| 681 | } |
---|
| 682 | } |
---|
| 683 | } |
---|
| 684 | } |
---|
| 685 | } |
---|
| 686 | |
---|
| 687 | //sort according to fuzzy degree |
---|
| 688 | void ModelSimil::SortFuzzyNeighb() |
---|
| 689 | { |
---|
| 690 | fuzDepth = fuzzyDepth; |
---|
| 691 | for (int mod = 0; mod < 2; mod++) |
---|
| 692 | { |
---|
| 693 | std::qsort(m_fuzzyNeighb[mod], (size_t) m_Mod[mod]->getPartCount(), sizeof (m_fuzzyNeighb[mod][0]), cmpFuzzyRows); |
---|
| 694 | } |
---|
| 695 | } |
---|
| 696 | |
---|
| 697 | //computes fuzzy vertex degree |
---|
| 698 | void ModelSimil::CountFuzzyNeighb() |
---|
| 699 | { |
---|
| 700 | assert(m_aDegrees[0] != NULL); |
---|
| 701 | assert(m_aDegrees[1] != NULL); |
---|
| 702 | |
---|
| 703 | assert(m_Neighbours[0] != NULL); |
---|
| 704 | assert(m_Neighbours[1] != NULL); |
---|
| 705 | |
---|
| 706 | assert(m_fuzzyNeighb[0] != NULL); |
---|
| 707 | assert(m_fuzzyNeighb[1] != NULL); |
---|
| 708 | |
---|
| 709 | std::vector<int> nIndexes; |
---|
| 710 | float newDeg = 0; |
---|
| 711 | |
---|
| 712 | for (int mod = 0; mod < 2; mod++) |
---|
| 713 | { |
---|
| 714 | int partCount = m_Mod[mod]->getPartCount(); |
---|
| 715 | |
---|
| 716 | for (int depth = 0; depth < fuzzyDepth; depth++) |
---|
| 717 | { |
---|
| 718 | //use first column for storing indices |
---|
| 719 | for (int partInd = 0; partInd < partCount; partInd++) |
---|
| 720 | { |
---|
| 721 | if (depth == 0) |
---|
| 722 | { |
---|
| 723 | m_fuzzyNeighb[mod][partInd][depth] = partInd; |
---|
| 724 | } |
---|
| 725 | else if (depth == 1) |
---|
| 726 | { |
---|
| 727 | m_fuzzyNeighb[mod][partInd][depth] = m_aDegrees[mod][partInd][DEGREE]; |
---|
| 728 | } |
---|
| 729 | else |
---|
| 730 | { |
---|
| 731 | GetNeighbIndexes(mod, partInd, nIndexes); |
---|
[361] | 732 | for (unsigned int k = 0; k < nIndexes.size(); k++) |
---|
[349] | 733 | { |
---|
| 734 | newDeg += m_fuzzyNeighb[mod][nIndexes.at(k)][depth - 1]; |
---|
| 735 | } |
---|
| 736 | newDeg /= nIndexes.size(); |
---|
| 737 | m_fuzzyNeighb[mod][partInd][depth] = newDeg; |
---|
| 738 | for (int mod = 0; mod < 2; mod++) |
---|
| 739 | { |
---|
| 740 | int partCount = m_Mod[mod]->getPartCount(); |
---|
| 741 | for (int i = partCount - 1; i >= 0; i--) |
---|
| 742 | { |
---|
| 743 | |
---|
| 744 | } |
---|
| 745 | } |
---|
| 746 | newDeg = 0; |
---|
| 747 | } |
---|
| 748 | } |
---|
| 749 | } |
---|
| 750 | } |
---|
| 751 | |
---|
| 752 | SortFuzzyNeighb(); |
---|
| 753 | } |
---|
| 754 | |
---|
| 755 | /** Gets information about Parts' positions in 3D from models into the arrays |
---|
| 756 | m_aPositions. |
---|
| 757 | Assumptions: |
---|
| 758 | - Models (m_Mod) are created and available. |
---|
| 759 | - Arrays m_aPositions are created. |
---|
| 760 | @return 1 if success, otherwise 0. |
---|
| 761 | */ |
---|
| 762 | int ModelSimil::GetPartPositions() |
---|
| 763 | { |
---|
| 764 | // sprawdz zalozenie - o modelach |
---|
| 765 | assert((m_Mod[0] != NULL) && (m_Mod[1] != NULL)); |
---|
| 766 | assert(m_Mod[0]->isValid() && m_Mod[1]->isValid()); |
---|
| 767 | |
---|
| 768 | // sprawdz zalozenie - o tablicach m_aPositions |
---|
| 769 | assert(m_aPositions[0] != NULL); |
---|
| 770 | assert(m_aPositions[1] != NULL); |
---|
| 771 | |
---|
| 772 | // dla każdego stworzenia skopiuj informację o polozeniu jego Parts |
---|
| 773 | // do tablic m_aPositions |
---|
| 774 | Part *pPart; |
---|
| 775 | int iMod; // licznik modeli (organizmow) |
---|
| 776 | int iPart; // licznik Parts |
---|
| 777 | for (iMod = 0; iMod < 2; iMod++) |
---|
| 778 | { |
---|
| 779 | // dla każdego z modeli iMod |
---|
| 780 | for (iPart = 0; iPart < m_Mod[ iMod ]->getPartCount(); iPart++) |
---|
| 781 | { |
---|
| 782 | // dla każdego iPart organizmu iMod |
---|
| 783 | // pobierz tego Part |
---|
| 784 | pPart = m_Mod[ iMod ]->getPart(iPart); |
---|
| 785 | // zapamietaj jego pozycje 3D w tablicy m_aPositions |
---|
| 786 | m_aPositions[ iMod ][ iPart ].x = pPart->p.x; |
---|
| 787 | m_aPositions[ iMod ][ iPart ].y = pPart->p.y; |
---|
| 788 | m_aPositions[ iMod ][ iPart ].z = pPart->p.z; |
---|
| 789 | } |
---|
| 790 | } |
---|
| 791 | |
---|
| 792 | return 1; |
---|
| 793 | } |
---|
| 794 | |
---|
| 795 | /** Computes numbers of neurons and neurons' inputs for each Part of each |
---|
| 796 | organisms and fills in the m_aDegrees array. |
---|
| 797 | Assumptions: |
---|
| 798 | - Models (m_Mod) are created and available. |
---|
| 799 | - Arrays m_aDegrees are created. |
---|
| 800 | */ |
---|
| 801 | int ModelSimil::CountPartNeurons() |
---|
| 802 | { |
---|
| 803 | // sprawdz zalozenie - o modelach |
---|
| 804 | assert((m_Mod[0] != NULL) && (m_Mod[1] != NULL)); |
---|
| 805 | assert(m_Mod[0]->isValid() && m_Mod[1]->isValid()); |
---|
| 806 | |
---|
| 807 | // sprawdz zalozenie - o tablicach |
---|
| 808 | assert(m_aDegrees[0] != NULL); |
---|
| 809 | assert(m_aDegrees[1] != NULL); |
---|
| 810 | |
---|
| 811 | Part *P1; |
---|
| 812 | Joint *J1; |
---|
| 813 | int i, j, i2, neuro_connections; |
---|
| 814 | |
---|
| 815 | // dla obu stworzen oblicz liczbe Neurons + connections dla Parts |
---|
| 816 | // a takze dla OnJoints i Anywhere |
---|
| 817 | for (i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 818 | { |
---|
| 819 | for (j = 0; j < m_Mod[i]->getNeuroCount(); j++) |
---|
| 820 | { |
---|
| 821 | // pobierz kolejny Neuron |
---|
| 822 | Neuro *N = m_Mod[i]->getNeuro(j); |
---|
| 823 | // policz liczbe jego wejść i jego samego tez |
---|
| 824 | // czy warto w ogole liczyc polaczenia...? co to da/spowoduje? |
---|
| 825 | neuro_connections = N->getInputCount() + 1; |
---|
| 826 | // wez Part, na ktorym jest Neuron |
---|
| 827 | P1 = N->getPart(); |
---|
| 828 | if (P1) |
---|
| 829 | { |
---|
| 830 | // dla neuronow osadzonych na Partach |
---|
| 831 | i2 = m_Mod[i]->findPart(P1); // znajdz indeks Part w Modelu |
---|
| 832 | m_aDegrees[i][i2][2] += neuro_connections; // zwieksz liczbe Connections+Neurons dla tego Part (TDN[2]) |
---|
| 833 | m_aDegrees[i][i2][3]++; // zwieksz liczbe Neurons dla tego Part (TDN[3]) |
---|
| 834 | } |
---|
| 835 | else |
---|
| 836 | { |
---|
| 837 | // dla neuronow nie osadzonych na partach |
---|
| 838 | J1 = N->getJoint(); |
---|
| 839 | if (J1) |
---|
| 840 | { |
---|
| 841 | // dla tych na Jointach |
---|
| 842 | m_aOnJoint[i][2] += neuro_connections; // zwieksz liczbe Connections+Neurons |
---|
| 843 | m_aOnJoint[i][3]++; // zwieksz liczbe Neurons |
---|
| 844 | } |
---|
| 845 | else |
---|
| 846 | { |
---|
| 847 | // dla tych "gdziekolwiek" |
---|
| 848 | m_aAnywhere[i][2] += neuro_connections; // zwieksz liczbe Connections+Neurons |
---|
| 849 | m_aAnywhere[i][3]++; // zwieksz liczbe Neurons |
---|
| 850 | } |
---|
| 851 | } |
---|
| 852 | } |
---|
| 853 | } |
---|
| 854 | return 1; |
---|
| 855 | } |
---|
| 856 | |
---|
| 857 | /** Sorts arrays m_aDegrees (for each organism) by Part's degree, and then by |
---|
| 858 | number of neural connections and neurons in groups of Parts with the same |
---|
| 859 | degree. |
---|
| 860 | Assumptions: |
---|
| 861 | - Models (m_Mod) are created and available. |
---|
| 862 | - Arrays m_aDegrees are created. |
---|
| 863 | @saeDegrees, CompareItemNo |
---|
| 864 | */ |
---|
| 865 | int ModelSimil::SortPartInfoTables() |
---|
| 866 | { |
---|
| 867 | // sprawdz zalozenie - o modelach |
---|
| 868 | assert((m_Mod[0] != NULL) && (m_Mod[1] != NULL)); |
---|
| 869 | assert(m_Mod[0]->isValid() && m_Mod[1]->isValid()); |
---|
| 870 | |
---|
| 871 | // sprawdz zalozenie - o tablicach |
---|
| 872 | assert(m_aDegrees[0] != NULL); |
---|
| 873 | assert(m_aDegrees[1] != NULL); |
---|
| 874 | |
---|
| 875 | int i; |
---|
| 876 | // sortowanie obu tablic wg stopni punktów - TDN[1] |
---|
| 877 | if (isFuzzy != 1) |
---|
| 878 | { |
---|
| 879 | for (i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 880 | { |
---|
| 881 | DB(_PrintDegrees(i)); |
---|
| 882 | std::qsort(m_aDegrees[i], (size_t) (m_Mod[i]->getPartCount()), |
---|
| 883 | sizeof (TDN), ModelSimil::CompareDegrees); |
---|
| 884 | DB(_PrintDegrees(i)); |
---|
| 885 | } |
---|
| 886 | }//sortowanie wg romzmytego stopnia wierzcholka |
---|
| 887 | |
---|
| 888 | else |
---|
| 889 | { |
---|
| 890 | SortPartInfoFuzzy(); |
---|
| 891 | } |
---|
| 892 | |
---|
| 893 | |
---|
| 894 | // sprawdzenie wartosci parametru |
---|
| 895 | DB(i = sizeof (TDN);) |
---|
| 896 | int degreeType = (isFuzzy == 1) ? FUZZ_DEG : DEGREE; |
---|
| 897 | |
---|
| 898 | // sortowanie obu tablic m_aDegrees wedlug liczby neuronów i |
---|
| 899 | // czesci neuronu - ale w obrebie grup o tym samym stopniu |
---|
| 900 | for (i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 901 | { |
---|
| 902 | int iPocz = 0; |
---|
| 903 | int iDeg, iNewDeg, iPartCount, j; |
---|
| 904 | // stopien pierwszego punktu w tablicy Degrees odniesienie |
---|
| 905 | iDeg = m_aDegrees[i][0][degreeType]; |
---|
| 906 | iPartCount = m_Mod[i]->getPartCount(); |
---|
| 907 | // po kolei dla kazdego punktu w organizmie |
---|
| 908 | for (j = 0; j <= iPartCount; j++) |
---|
| 909 | { |
---|
| 910 | // sprawdz stopien punktu (lub nadaj 0 - gdy juz koniec tablicy) |
---|
| 911 | // iNewDeg = (j != iPartCount) ? m_aDegrees[i][j][1] : 0; |
---|
| 912 | // usunieto stara wersje porownania!!! wprowadzono znak porownania < |
---|
| 913 | |
---|
| 914 | iNewDeg = (j < iPartCount) ? m_aDegrees[i][j][degreeType] : 0; |
---|
| 915 | // skoro tablice sa posortowane wg stopni, to mamy na pewno taka kolejnosc |
---|
| 916 | assert(iNewDeg <= iDeg); |
---|
| 917 | if (iNewDeg != iDeg) |
---|
| 918 | { |
---|
| 919 | // gdy znaleziono koniec grupy o tym samym stopniu |
---|
| 920 | // sortuj po liczbie neuronow w obrebie grupy |
---|
| 921 | DB(_PrintDegrees(i)); |
---|
| 922 | DB(printf("qsort( poczatek=%i, rozmiar=%i, sizeof(TDN)=%i)\n", iPocz, (j - iPocz), sizeof (TDN));) |
---|
| 923 | // wyswietlamy z jedna komorka po zakonczeniu tablicy |
---|
| 924 | DB(_PrintArray(m_aDegrees[i][iPocz], 0, (j - iPocz)*4);) |
---|
| 925 | |
---|
| 926 | std::qsort(m_aDegrees[i][iPocz], (size_t) (j - iPocz), |
---|
| 927 | sizeof (TDN), ModelSimil::CompareConnsNo); |
---|
| 928 | DB(_PrintDegrees(i)); |
---|
| 929 | // wyswietlamy z jedna komorka po zakonczeniu tablicy |
---|
| 930 | DB(_PrintArray(m_aDegrees[i][iPocz], 0, (j - iPocz)*4);) |
---|
| 931 | // rozpocznij nowa grupe |
---|
| 932 | iPocz = j; |
---|
| 933 | iDeg = iNewDeg; |
---|
| 934 | } |
---|
| 935 | } |
---|
| 936 | } |
---|
| 937 | return 1; |
---|
| 938 | } |
---|
| 939 | |
---|
| 940 | int ModelSimil::SortPartInfoFuzzy() |
---|
| 941 | { |
---|
| 942 | |
---|
| 943 | // sprawdz zalozenie - o modelach |
---|
| 944 | assert((m_Mod[0] != NULL) && (m_Mod[1] != NULL)); |
---|
| 945 | assert(m_Mod[0]->isValid() && m_Mod[1]->isValid()); |
---|
| 946 | |
---|
| 947 | // sprawdz zalozenie - o tablicach |
---|
| 948 | assert(m_aDegrees[0] != NULL); |
---|
| 949 | assert(m_aDegrees[1] != NULL); |
---|
| 950 | // sprawdz zalozenie - o tablicach |
---|
| 951 | assert(m_fuzzyNeighb[0] != NULL); |
---|
| 952 | assert(m_fuzzyNeighb[1] != NULL); |
---|
| 953 | |
---|
| 954 | |
---|
| 955 | TDN * m_aDegreesTmp[2]; |
---|
| 956 | |
---|
| 957 | for (int i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 958 | { |
---|
| 959 | int partCount = m_Mod[i]->getPartCount(); |
---|
| 960 | m_aDegreesTmp[i] = new TDN[ partCount ]; |
---|
| 961 | |
---|
| 962 | for (int j = 0; j < partCount; j++) |
---|
| 963 | { |
---|
| 964 | for (int k = 0; k < TDN_SIZE; k++) |
---|
| 965 | { |
---|
| 966 | m_aDegreesTmp[i][j][k] = m_aDegrees[i][j][k]; |
---|
| 967 | } |
---|
| 968 | } |
---|
| 969 | } |
---|
| 970 | |
---|
| 971 | int newInd = 0; |
---|
| 972 | for (int i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 973 | { |
---|
| 974 | int partCount = m_Mod[i]->getPartCount(); |
---|
| 975 | for (int j = 0; j < partCount; j++) |
---|
| 976 | { |
---|
| 977 | newInd = (int) m_fuzzyNeighb[i][j][0]; |
---|
| 978 | for (int k = 0; k < TDN_SIZE; k++) |
---|
| 979 | { |
---|
| 980 | m_aDegrees[i][j][k] = m_aDegreesTmp[i][newInd][k]; |
---|
| 981 | } |
---|
| 982 | } |
---|
| 983 | } |
---|
| 984 | |
---|
| 985 | SAFEDELETEARRAY(m_aDegreesTmp[0]); |
---|
| 986 | SAFEDELETEARRAY(m_aDegreesTmp[1]); |
---|
| 987 | |
---|
| 988 | CheckFuzzyIdentity(); |
---|
| 989 | |
---|
| 990 | return 1; |
---|
| 991 | } |
---|
| 992 | |
---|
| 993 | /** Checks if given Parts have identical physical and biological properties |
---|
| 994 | (except for geometry that might differ). |
---|
| 995 | @param P1 Pointer to first Part. |
---|
| 996 | @param P2 Pointer to second Part. |
---|
| 997 | @return 1 - identical properties, 0 - there are differences. |
---|
| 998 | */ |
---|
| 999 | int ModelSimil::CheckPartsIdentity(Part *P1, Part *P2) |
---|
| 1000 | { |
---|
| 1001 | // sprawdz, czy te Parts chociaz sa w sensownym miejscu pamieci |
---|
| 1002 | assert((P1 != NULL) && (P2 != NULL)); |
---|
| 1003 | |
---|
| 1004 | if ((P1->assim != P2->assim) || |
---|
| 1005 | (P1->friction != P2->friction) || |
---|
| 1006 | (P1->ingest != P2->ingest) || |
---|
| 1007 | (P1->mass != P2->mass) || |
---|
| 1008 | (P1->size != P2->size) || |
---|
| 1009 | (P1->density != P2->density)) |
---|
| 1010 | // gdy znaleziono jakas roznice w parametrach fizycznych i |
---|
| 1011 | // biologicznych |
---|
| 1012 | return 0; |
---|
| 1013 | else |
---|
| 1014 | // gdy nie ma roznic |
---|
| 1015 | return 1; |
---|
| 1016 | } |
---|
| 1017 | |
---|
| 1018 | /** Prints the state of the matching object. Debug method. |
---|
| 1019 | */ |
---|
| 1020 | void ModelSimil::_PrintPartsMatching() |
---|
| 1021 | { |
---|
| 1022 | // assure that matching exists |
---|
| 1023 | assert(m_pMatching != NULL); |
---|
| 1024 | |
---|
| 1025 | printf("Parts matching:\n"); |
---|
| 1026 | m_pMatching->PrintMatching(); |
---|
| 1027 | } |
---|
| 1028 | |
---|
| 1029 | void ModelSimil::ComputeMatching() |
---|
| 1030 | { |
---|
| 1031 | // uniwersalne liczniki |
---|
| 1032 | int i, j; |
---|
| 1033 | |
---|
| 1034 | assert(m_pMatching != NULL); |
---|
| 1035 | assert(m_pMatching->IsEmpty() == true); |
---|
| 1036 | |
---|
| 1037 | // rozpoczynamy etap dopasowywania Parts w organizmach |
---|
| 1038 | // czy dopasowano już wszystkie Parts? |
---|
| 1039 | int iCzyDopasowane = 0; |
---|
| 1040 | // koniec grupy aktualnie dopasowywanej w każdym organizmie |
---|
| 1041 | int aiKoniecGrupyDopasowania[2] = {0, 0}; |
---|
| 1042 | // koniec grupy już w całości dopasowanej |
---|
| 1043 | // (Pomiedzy tymi dwoma indeksami znajduja sie Parts w tablicy |
---|
| 1044 | // m_aDegrees, ktore moga byc dopasowywane (tam nadal moga |
---|
| 1045 | // byc tez dopasowane - ale nie musi to byc w sposob |
---|
| 1046 | // ciagly) |
---|
| 1047 | int aiKoniecPierwszejGrupy[2] = {0, 0}; |
---|
| 1048 | // Tablica przechowująca odległości poszczególnych Parts z aktualnych |
---|
| 1049 | // grup dopasowania. Rozmiar - prostokąt o bokach równych liczbie elementów w |
---|
| 1050 | // dopasowywanych aktualnie grupach. Pierwszy wymiar - pierwszy organizm. |
---|
| 1051 | // Drugi wymiar - drugi organizm (nie zależy to od tego, który jest mniejszy). |
---|
| 1052 | // Wliczane w rozmiar tablicy są nawet już dopasowane elementy - tablice |
---|
| 1053 | // paiCzyDopasowany pamiętają stan dopasowania tych elementów. |
---|
| 1054 | typedef double *TPDouble; |
---|
| 1055 | double **aadOdleglosciParts; |
---|
| 1056 | // dwie tablice okreslajace Parts, ktore moga byc do siebie dopasowywane |
---|
| 1057 | // rozmiary: [0] - aiRozmiarCalychGrup[1] |
---|
| 1058 | // [1] - aiRozmiarCalychGrup[0] |
---|
| 1059 | std::vector<bool> *apvbCzyMinimalnaOdleglosc[2]; |
---|
| 1060 | // rozmiar aktualnie dopasowywanej grupy w odpowiednim organizmie (tylko elementy |
---|
| 1061 | // jeszcze niedopasowane). |
---|
| 1062 | int aiRozmiarGrupy[2]; |
---|
| 1063 | // rozmiar aktualnie dopasowywanych grup w odpowiednim organizmie (włączone są |
---|
| 1064 | // w to również elementy już dopasowane). |
---|
| 1065 | int aiRozmiarCalychGrup[2] = {0, 0}; |
---|
| 1066 | |
---|
| 1067 | // utworzenie tablicy rozmiarow |
---|
| 1068 | for (i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 1069 | { |
---|
| 1070 | m_aiPartCount[i] = m_Mod[i]->getPartCount(); |
---|
| 1071 | } |
---|
| 1072 | |
---|
| 1073 | // DOPASOWYWANIE PARTS |
---|
| 1074 | while (!iCzyDopasowane) |
---|
| 1075 | { |
---|
| 1076 | // znajdz konce obu grup aktualnie dopasowywanych w obu organizmach |
---|
| 1077 | for (i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 1078 | { |
---|
| 1079 | // czyli poszukaj miejsca zmiany stopnia lub konca tablicy |
---|
| 1080 | for (j = aiKoniecPierwszejGrupy[i] + 1; j < m_aiPartCount[i]; j++) |
---|
| 1081 | { |
---|
| 1082 | if (m_aDegrees[i][j][DEGREE] < m_aDegrees[i][j - 1][DEGREE]) |
---|
| 1083 | { |
---|
| 1084 | break; |
---|
| 1085 | } |
---|
| 1086 | } |
---|
| 1087 | aiKoniecGrupyDopasowania[i] = j; |
---|
| 1088 | |
---|
| 1089 | // sprawdz poprawnosc tego indeksu |
---|
| 1090 | assert((aiKoniecGrupyDopasowania[i] > 0) && |
---|
| 1091 | (aiKoniecGrupyDopasowania[i] <= m_aiPartCount[i])); |
---|
| 1092 | |
---|
| 1093 | // oblicz rozmiary całych grup - łącznie z dopasowanymi już elementami |
---|
| 1094 | aiRozmiarCalychGrup[i] = aiKoniecGrupyDopasowania[i] - |
---|
| 1095 | aiKoniecPierwszejGrupy[i]; |
---|
| 1096 | |
---|
| 1097 | // sprawdz teraz rozmiar tej grupy w sensie liczby niedopasowanzch |
---|
| 1098 | // nie moze to byc puste! |
---|
| 1099 | aiRozmiarGrupy[i] = 0; |
---|
| 1100 | for (j = aiKoniecPierwszejGrupy[i]; j < aiKoniecGrupyDopasowania[i]; j++) |
---|
| 1101 | { |
---|
| 1102 | // od poczatku do konca grupy |
---|
| 1103 | if (!m_pMatching->IsMatched(i, j)) |
---|
| 1104 | { |
---|
| 1105 | // jesli niedopasowany, to zwieksz licznik |
---|
| 1106 | aiRozmiarGrupy[i]++; |
---|
| 1107 | } |
---|
| 1108 | } |
---|
| 1109 | // grupa nie moze byc pusta! |
---|
| 1110 | assert(aiRozmiarGrupy[i] > 0); |
---|
| 1111 | } |
---|
| 1112 | |
---|
| 1113 | // DOPASOWYWANIE PARTS Z GRUP |
---|
| 1114 | |
---|
| 1115 | // stworzenie tablicy odległości lokalnych |
---|
| 1116 | // stwórz pierwszy wymiar - wg rozmiaru zerowego organizmu |
---|
| 1117 | aadOdleglosciParts = new TPDouble[ aiRozmiarCalychGrup[0] ]; |
---|
| 1118 | assert(aadOdleglosciParts != NULL); |
---|
| 1119 | // stwórz drugi wymiar - wg rozmiaru drugiego organizmu |
---|
| 1120 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[0]; i++) |
---|
| 1121 | { |
---|
| 1122 | aadOdleglosciParts[i] = new double [ aiRozmiarCalychGrup[1] ]; |
---|
| 1123 | assert(aadOdleglosciParts[i] != NULL); |
---|
| 1124 | } |
---|
| 1125 | |
---|
| 1126 | // stworzenie tablic mozliwosci dopasowania (indykatorow minimalnej odleglosci) |
---|
| 1127 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[0] = new std::vector<bool>(aiRozmiarCalychGrup[1], false); |
---|
| 1128 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[1] = new std::vector<bool>(aiRozmiarCalychGrup[0], false); |
---|
| 1129 | // sprawdz stworzenie tablic |
---|
| 1130 | assert(apvbCzyMinimalnaOdleglosc[0] != NULL); |
---|
| 1131 | assert(apvbCzyMinimalnaOdleglosc[1] != NULL); |
---|
| 1132 | |
---|
| 1133 | // wypełnienie elementów macierzy (i,j) odległościami pomiędzy |
---|
| 1134 | // odpowiednimi Parts: (i) w organizmie 0 i (j) w organizmie 1. |
---|
| 1135 | // UWAGA! Uwzględniamy tylko te Parts, które nie są jeszcze dopasowane |
---|
| 1136 | // (reszta to byłaby po prostu strata czasu). |
---|
[451] | 1137 | int iDeg, iNeu; // ilościowe określenie różnic stopnia, liczby neuronów i połączeń Parts |
---|
| 1138 | //int iNIt; |
---|
[349] | 1139 | double dGeo; // ilościowe określenie różnic geometrycznych pomiędzy Parts |
---|
| 1140 | // indeksy konkretnych Parts - indeksy sa ZERO-BASED, choć właściwy dostep |
---|
| 1141 | // do informacji o Part wymaga dodania aiKoniecPierwszejGrupy[] |
---|
| 1142 | // tylko aadOdleglosciParts[][] indeksuje sie bezposrednio zawartoscia iIndex[] |
---|
| 1143 | int iIndex[2]; |
---|
| 1144 | int iPartIndex[ 2 ] = {-1, -1}; // at [iModel]: original index of a Part for the specified model (iModel) |
---|
| 1145 | |
---|
| 1146 | // debug - wypisz zakres dopasowywanych indeksow |
---|
| 1147 | DB(printf("Organizm 0: grupa: (%2i, %2i)\n", aiKoniecPierwszejGrupy[0], |
---|
| 1148 | aiKoniecGrupyDopasowania[0]);) |
---|
| 1149 | DB(printf("Organizm 1: grupa: (%2i, %2i)\n", aiKoniecPierwszejGrupy[1], |
---|
| 1150 | aiKoniecGrupyDopasowania[1]);) |
---|
| 1151 | |
---|
| 1152 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[0]; i++) |
---|
| 1153 | { |
---|
| 1154 | |
---|
| 1155 | // iterujemy i - Parts organizmu 0 |
---|
| 1156 | // (indeks podstawowy - aiKoniecPierwszejGrupy[0]) |
---|
| 1157 | |
---|
| 1158 | if (!(m_pMatching->IsMatched(0, aiKoniecPierwszejGrupy[0] + i))) |
---|
| 1159 | { |
---|
| 1160 | // interesuja nas tylko te niedopasowane jeszcze (i) |
---|
| 1161 | for (j = 0; j < aiRozmiarCalychGrup[1]; j++) |
---|
| 1162 | { |
---|
| 1163 | |
---|
| 1164 | // iterujemy j - Parts organizmu 1 |
---|
| 1165 | // (indeks podstawowy - aiKoniecPierwszejGrupy[1]) |
---|
| 1166 | |
---|
| 1167 | if (!(m_pMatching->IsMatched(1, aiKoniecPierwszejGrupy[1] + j))) |
---|
| 1168 | { |
---|
| 1169 | // interesuja nas tylko te niedopasowane jeszcze (j) |
---|
| 1170 | // teraz obliczymy lokalne różnice pomiędzy Parts |
---|
| 1171 | iDeg = abs(m_aDegrees[0][ aiKoniecPierwszejGrupy[0] + i ][1] |
---|
| 1172 | - m_aDegrees[1][ aiKoniecPierwszejGrupy[1] + j ][1]); |
---|
| 1173 | |
---|
[451] | 1174 | //iNit currently is not a component of distance measure |
---|
| 1175 | //iNIt = abs(m_aDegrees[0][ aiKoniecPierwszejGrupy[0] + i ][2] |
---|
| 1176 | // - m_aDegrees[1][ aiKoniecPierwszejGrupy[1] + j ][2]); |
---|
[349] | 1177 | |
---|
| 1178 | iNeu = abs(m_aDegrees[0][ aiKoniecPierwszejGrupy[0] + i ][3] |
---|
| 1179 | - m_aDegrees[1][ aiKoniecPierwszejGrupy[1] + j ][3]); |
---|
| 1180 | |
---|
| 1181 | // obliczenie także lokalnych różnic geometrycznych pomiędzy Parts |
---|
| 1182 | // find original indices of Parts for both of the models |
---|
| 1183 | iPartIndex[ 0 ] = m_aDegrees[0][ aiKoniecPierwszejGrupy[0] + i ][ 0 ]; |
---|
| 1184 | iPartIndex[ 1 ] = m_aDegrees[1][ aiKoniecPierwszejGrupy[1] + j ][ 0 ]; |
---|
| 1185 | // now compute the geometrical distance of these Parts (use m_aPositions |
---|
| 1186 | // which should be computed by SVD) |
---|
| 1187 | Pt3D Part0Pos(m_aPositions[ 0 ][ iPartIndex[ 0 ] ]); |
---|
| 1188 | Pt3D Part1Pos(m_aPositions[ 1 ][ iPartIndex[ 1 ] ]); |
---|
| 1189 | dGeo = m_adFactors[3] == 0 ? 0 : Part0Pos.distanceTo(Part1Pos); //no need to compute distane when m_dDG weight is 0 |
---|
| 1190 | |
---|
| 1191 | // tutaj prawdopodobnie należy jeszcze dodać sprawdzanie |
---|
| 1192 | // identyczności pozostałych własności (oprócz geometrii) |
---|
| 1193 | // - żeby móc stwierdzić w ogóle identyczność Parts |
---|
| 1194 | |
---|
| 1195 | // i ostateczna odleglosc indukowana przez te roznice |
---|
| 1196 | // (tutaj nie ma różnicy w liczbie wszystkich wierzchołków) |
---|
| 1197 | aadOdleglosciParts[i][j] = m_adFactors[1] * double(iDeg) + |
---|
| 1198 | m_adFactors[2] * double(iNeu) + |
---|
| 1199 | m_adFactors[3] * dGeo; |
---|
| 1200 | DB(printf("Parts Distance (%2i,%2i) = %.3lf\n", aiKoniecPierwszejGrupy[0] + i, |
---|
| 1201 | aiKoniecPierwszejGrupy[1] + j, aadOdleglosciParts[i][j]);) |
---|
| 1202 | DB(printf("Parts geometrical distance = %.20lf\n", dGeo);) |
---|
| 1203 | DB(printf("Pos0: (%.3lf %.3lf %.3lf)\n", Part0Pos.x, Part0Pos.y, Part0Pos.z);) |
---|
| 1204 | DB(printf("Pos1: (%.3lf %.3lf %.3lf)\n", Part1Pos.x, Part1Pos.y, Part1Pos.z);) |
---|
| 1205 | } |
---|
| 1206 | } |
---|
| 1207 | } |
---|
| 1208 | } |
---|
| 1209 | |
---|
| 1210 | // tutaj - sprawdzic tylko, czy tablica odleglosci lokalnych jest poprawnie obliczona |
---|
| 1211 | |
---|
| 1212 | // WYKORZYSTANIE TABLICY ODLEGLOSCI DO BUDOWY DOPASOWANIA |
---|
| 1213 | |
---|
| 1214 | // trzeba raczej iterować aż do zebrania wszystkich możliwych dopasowań w grupie |
---|
| 1215 | // dlatego wprowadzamy dodatkowa zmienna - czy skonczyla sie juz grupa |
---|
| 1216 | bool bCzyKoniecGrupy = false; |
---|
| 1217 | while (!bCzyKoniecGrupy) |
---|
| 1218 | { |
---|
| 1219 | for (i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 1220 | { |
---|
| 1221 | // iterujemy (i) po organizmach |
---|
| 1222 | // szukamy najpierw jakiegoś niedopasowanego jeszcze Part w organizmach |
---|
| 1223 | |
---|
| 1224 | // zakładamy, że nie ma takiego Part |
---|
| 1225 | iIndex[i] = -1; |
---|
| 1226 | |
---|
| 1227 | for (j = 0; j < aiRozmiarCalychGrup[ i ]; j++) |
---|
| 1228 | { |
---|
| 1229 | // iterujemy (j) - Parts organizmu (i) |
---|
| 1230 | // (indeks podstawowy - aiKoniecPierwszejGrupy[0]) |
---|
| 1231 | if (!(m_pMatching->IsMatched(i, aiKoniecPierwszejGrupy[i] + j))) |
---|
| 1232 | { |
---|
| 1233 | // gdy mamy w tej grupie jakis niedopasowany element, to ustawiamy |
---|
| 1234 | // iIndex[i] (chcemy w zasadzie pierwszy taki) |
---|
| 1235 | iIndex[i] = j; |
---|
| 1236 | break; |
---|
| 1237 | } |
---|
| 1238 | } |
---|
| 1239 | |
---|
| 1240 | // sprawdzamy, czy w ogole znaleziono taki Part |
---|
| 1241 | if (iIndex[i] < 0) |
---|
| 1242 | { |
---|
| 1243 | // gdy nie znaleziono takiego Part - mamy koniec dopasowywania w |
---|
| 1244 | // tych grupach |
---|
| 1245 | bCzyKoniecGrupy = true; |
---|
| 1246 | } |
---|
| 1247 | // sprawdz poprawnosc indeksu niedopasowanego Part - musi byc w aktualnej grupie |
---|
| 1248 | assert((iIndex[i] >= -1) && (iIndex[i] < aiRozmiarCalychGrup[i])); |
---|
| 1249 | } |
---|
| 1250 | |
---|
| 1251 | |
---|
| 1252 | // teraz mamy sytuacje: |
---|
| 1253 | // - mamy w iIndex[0] i iIndex[1] indeksy pierwszych niedopasowanych Part |
---|
| 1254 | // w organizmach, albo |
---|
| 1255 | // - nie ma w ogóle już czego dopasowywać (należy przejść do innej grupy) |
---|
| 1256 | if (!bCzyKoniecGrupy) |
---|
| 1257 | { |
---|
| 1258 | // gdy nie ma jeszcze końca żadnej z grup - możemy dopasowywać |
---|
| 1259 | // najpierw wyszukujemy w tablicy minimum odległości od tych |
---|
| 1260 | // wyznaczonych Parts |
---|
| 1261 | |
---|
| 1262 | // najpierw wyczyscimy wektory potencjalnych dopasowan |
---|
| 1263 | // dla organizmu 1 (o rozmiarze grupy z 0) |
---|
| 1264 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[0]; i++) |
---|
| 1265 | { |
---|
| 1266 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[1]->operator[](i) = false; |
---|
| 1267 | } |
---|
| 1268 | // dla organizmu 0 (o rozmiarze grup z 1) |
---|
| 1269 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[1]; i++) |
---|
| 1270 | { |
---|
| 1271 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[0]->operator[](i) = false; |
---|
| 1272 | } |
---|
| 1273 | |
---|
| 1274 | // szukanie minimum dla Part o indeksie iIndex[0] w organizmie 0 |
---|
| 1275 | // wsrod niedopasowanych Parts z organizmu 1 |
---|
| 1276 | // zakładamy, że nie znaleliśmy jeszcze minimum |
---|
| 1277 | double dMinimum = HUGE_VAL; |
---|
| 1278 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[1]; i++) |
---|
| 1279 | { |
---|
| 1280 | if (!(m_pMatching->IsMatched(1, aiKoniecPierwszejGrupy[1] + i))) |
---|
| 1281 | { |
---|
| 1282 | |
---|
| 1283 | // szukamy minimum obliczonej lokalnej odleglosci tylko wsrod |
---|
| 1284 | // niedopasowanych jeszcze Parts |
---|
| 1285 | if (aadOdleglosciParts[ iIndex[0] ][ i ] < dMinimum) |
---|
| 1286 | { |
---|
| 1287 | dMinimum = aadOdleglosciParts[ iIndex[0] ][ i ]; |
---|
| 1288 | } |
---|
| 1289 | |
---|
| 1290 | // przy okazji - sprawdz, czy HUGE_VAL jest rzeczywiscie max dla double |
---|
| 1291 | assert(aadOdleglosciParts[ iIndex[0] ][ i ] < HUGE_VAL); |
---|
| 1292 | } |
---|
| 1293 | } |
---|
| 1294 | // sprawdz, czy minimum znaleziono - musi takie byc, bo jest cos niedopasowanego |
---|
| 1295 | assert((dMinimum >= 0.0) && (dMinimum < HUGE_VAL)); |
---|
| 1296 | |
---|
| 1297 | // teraz zaznaczamy w tablicy te wszystkie Parts, ktore maja |
---|
| 1298 | // rzeczywiscie te minimalna odleglosc do Part iIndex[0] w organizmie 0 |
---|
| 1299 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[1]; i++) |
---|
| 1300 | { |
---|
| 1301 | if (!(m_pMatching->IsMatched(1, aiKoniecPierwszejGrupy[1] + i))) |
---|
| 1302 | { |
---|
| 1303 | if (aadOdleglosciParts[ iIndex[0] ][ i ] == dMinimum) |
---|
| 1304 | { |
---|
| 1305 | // jesli w danym miejscu tablicy odleglosci jest faktyczne |
---|
| 1306 | // minimum odleglosci, to mamy potencjalna pare dla iIndex[0] |
---|
| 1307 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[0]->operator[](i) = true; |
---|
| 1308 | } |
---|
| 1309 | |
---|
| 1310 | // sprawdz poprawnosc znalezionego wczesniej minimum |
---|
| 1311 | assert(aadOdleglosciParts[ iIndex[0] ][ i ] >= dMinimum); |
---|
| 1312 | } |
---|
| 1313 | } |
---|
| 1314 | |
---|
| 1315 | // podobnie szukamy minimum dla Part o indeksie iIndex[1] w organizmie 1 |
---|
| 1316 | // wsrod niedopasowanych Parts z organizmu 0 |
---|
| 1317 | dMinimum = HUGE_VAL; |
---|
| 1318 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[0]; i++) |
---|
| 1319 | { |
---|
| 1320 | if (!(m_pMatching->IsMatched(0, aiKoniecPierwszejGrupy[0] + i))) |
---|
| 1321 | { |
---|
| 1322 | // szukamy minimum obliczonej lokalnej odleglosci tylko wsrod |
---|
| 1323 | // niedopasowanych jeszcze Parts |
---|
| 1324 | if (aadOdleglosciParts[ i ][ iIndex[1] ] < dMinimum) |
---|
| 1325 | { |
---|
| 1326 | dMinimum = aadOdleglosciParts[ i ][ iIndex[1] ]; |
---|
| 1327 | } |
---|
| 1328 | // przy okazji - sprawdz, czy HUGE_VAL jest rzeczywiscie max dla double |
---|
| 1329 | assert(aadOdleglosciParts[ i ][ iIndex[1] ] < HUGE_VAL); |
---|
| 1330 | } |
---|
| 1331 | } |
---|
| 1332 | // sprawdz, czy minimum znaleziono - musi takie byc, bo jest cos niedopasowanego |
---|
| 1333 | assert((dMinimum >= 0.0) && (dMinimum < HUGE_VAL)); |
---|
| 1334 | |
---|
| 1335 | // teraz zaznaczamy w tablicy te wszystkie Parts, ktore maja |
---|
| 1336 | // rzeczywiscie te minimalne odleglosci do Part iIndex[1] w organizmie 1 |
---|
| 1337 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[0]; i++) |
---|
| 1338 | { |
---|
| 1339 | if (!(m_pMatching->IsMatched(0, aiKoniecPierwszejGrupy[0] + i))) |
---|
| 1340 | { |
---|
| 1341 | if (aadOdleglosciParts[ i ][ iIndex[1] ] == dMinimum) |
---|
| 1342 | { |
---|
| 1343 | // jesli w danym miejscu tablicy odleglosci jest faktyczne |
---|
| 1344 | // minimum odleglosci, to mamy potencjalna pare dla iIndex[1] |
---|
| 1345 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[1]->operator[](i) = true; |
---|
| 1346 | } |
---|
| 1347 | |
---|
| 1348 | // sprawdz poprawnosc znalezionego wczesniej minimum |
---|
| 1349 | assert(aadOdleglosciParts[ i ][ iIndex[1] ] >= dMinimum); |
---|
| 1350 | } |
---|
| 1351 | } |
---|
| 1352 | |
---|
| 1353 | // teraz mamy juz poszukane potencjalne grupy dopasowania - musimy |
---|
| 1354 | // zdecydowac, co do czego dopasujemy! |
---|
| 1355 | // szukamy Part iIndex[0] posrod mozliwych do dopasowania dla Part iIndex[1] |
---|
| 1356 | // szukamy takze Part iIndex[1] posrod mozliwych do dopasowania dla Part iIndex[0] |
---|
| 1357 | bool PartZ1NaLiscie0 = apvbCzyMinimalnaOdleglosc[0]->operator[](iIndex[1]); |
---|
| 1358 | bool PartZ0NaLiscie1 = apvbCzyMinimalnaOdleglosc[1]->operator[](iIndex[0]); |
---|
| 1359 | |
---|
| 1360 | if (PartZ1NaLiscie0 && PartZ0NaLiscie1) |
---|
| 1361 | { |
---|
| 1362 | // PRZYPADEK 1. Oba Parts maja sie wzajemnie na listach mozliwych |
---|
| 1363 | // dopasowan. |
---|
| 1364 | // AKCJA. Dopasowanie wzajemne do siebie. |
---|
| 1365 | |
---|
| 1366 | m_pMatching->Match(0, aiKoniecPierwszejGrupy[0] + iIndex[0], |
---|
| 1367 | 1, aiKoniecPierwszejGrupy[1] + iIndex[1]); |
---|
| 1368 | |
---|
| 1369 | // zmniejsz liczby niedopasowanych elementow w grupach |
---|
| 1370 | aiRozmiarGrupy[0]--; |
---|
| 1371 | aiRozmiarGrupy[1]--; |
---|
| 1372 | // debug - co zostalo dopasowane |
---|
| 1373 | DB(printf("Przypadek 1.: dopasowane Parts: (%2i, %2i)\n", aiKoniecPierwszejGrupy[0] |
---|
| 1374 | + iIndex[0], aiKoniecPierwszejGrupy[1] + iIndex[1]);) |
---|
| 1375 | |
---|
| 1376 | }// PRZYPADEK 1. |
---|
| 1377 | else |
---|
| 1378 | if (PartZ1NaLiscie0 || PartZ0NaLiscie1) |
---|
| 1379 | { |
---|
| 1380 | // PRZYPADEK 2. Tylko jeden z Parts ma drugiego na swojej liscie |
---|
| 1381 | // mozliwych dopasowan |
---|
| 1382 | // AKCJA. Dopasowanie jednego jest proste (tego, ktory nie ma |
---|
| 1383 | // na swojej liscie drugiego). Dla tego drugiego nalezy powtorzyc |
---|
| 1384 | // duza czesc obliczen (znalezc mu nowa mozliwa pare) |
---|
| 1385 | |
---|
| 1386 | // indeks organizmu, ktorego Part nie ma dopasowywanego Part |
---|
| 1387 | // z drugiego organizmu na swojej liscie |
---|
| 1388 | int iBezDrugiego; |
---|
| 1389 | |
---|
| 1390 | // okreslenie indeksu organizmu z dopasowywanym Part |
---|
| 1391 | if (!PartZ1NaLiscie0) |
---|
| 1392 | { |
---|
| 1393 | iBezDrugiego = 0; |
---|
| 1394 | } |
---|
| 1395 | else |
---|
| 1396 | { |
---|
| 1397 | iBezDrugiego = 1; |
---|
| 1398 | } |
---|
| 1399 | // sprawdz indeks organizmu |
---|
| 1400 | assert((iBezDrugiego == 0) || (iBezDrugiego == 1)); |
---|
| 1401 | |
---|
| 1402 | int iDopasowywany = -1; |
---|
| 1403 | // poszukujemy pierwszego z listy dopasowania |
---|
| 1404 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[ 1 - iBezDrugiego ]; i++) |
---|
| 1405 | { |
---|
| 1406 | if (apvbCzyMinimalnaOdleglosc[iBezDrugiego]->operator[](i)) |
---|
| 1407 | { |
---|
| 1408 | iDopasowywany = i; |
---|
| 1409 | break; |
---|
| 1410 | } |
---|
| 1411 | } |
---|
| 1412 | // sprawdz poprawnosc indeksu dopasowywanego (musimy cos znalezc!) |
---|
| 1413 | // nieujemny i w odpowiedniej grupie! |
---|
| 1414 | assert((iDopasowywany >= 0) && |
---|
| 1415 | (iDopasowywany < aiRozmiarCalychGrup[ 1 - iBezDrugiego ])); |
---|
| 1416 | |
---|
| 1417 | // znalezlismy 1. Part z listy dopasowania - dopasowujemy! |
---|
| 1418 | m_pMatching->Match( |
---|
| 1419 | iBezDrugiego, |
---|
| 1420 | aiKoniecPierwszejGrupy[ iBezDrugiego ] + iIndex[ iBezDrugiego ], |
---|
| 1421 | 1 - iBezDrugiego, |
---|
| 1422 | aiKoniecPierwszejGrupy[ 1 - iBezDrugiego ] + iDopasowywany); |
---|
| 1423 | DB(printf("Przypadek 2.1.: dopasowane Parts dopasowanie bez drugiego: (%2i, %2i)\n", aiKoniecPierwszejGrupy[ iBezDrugiego ] + iIndex[ iBezDrugiego ], |
---|
| 1424 | aiKoniecPierwszejGrupy[ 1 - iBezDrugiego ] + iDopasowywany);) |
---|
| 1425 | |
---|
| 1426 | // zmniejsz liczby niedopasowanych elementow w grupach |
---|
| 1427 | aiRozmiarGrupy[0]--; |
---|
| 1428 | aiRozmiarGrupy[1]--; |
---|
| 1429 | |
---|
| 1430 | // sprawdz, czy jest szansa dopasowania tego Part z drugiej strony |
---|
| 1431 | // (ktora miala mozliwosc dopasowania tego Part z poprzedniego organizmu) |
---|
| 1432 | if ((aiRozmiarGrupy[0] > 0) && (aiRozmiarGrupy[1] > 0)) |
---|
| 1433 | { |
---|
| 1434 | // jesli grupy sie jeszcze nie wyczrpaly |
---|
| 1435 | // to jest mozliwosc dopasowania w organizmie |
---|
| 1436 | |
---|
| 1437 | int iZDrugim = 1 - iBezDrugiego; |
---|
| 1438 | // sprawdz indeks organizmu |
---|
| 1439 | assert((iZDrugim == 0) || (iZDrugim == 1)); |
---|
| 1440 | |
---|
| 1441 | // bedziemy szukac minimum wsrod niedopasowanych - musimy wykasowac |
---|
| 1442 | // poprzednie obliczenia minimum |
---|
| 1443 | // dla organizmu 1 (o rozmiarze grupy z 0) |
---|
| 1444 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[0]; i++) |
---|
| 1445 | { |
---|
| 1446 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[1]->operator[](i) = false; |
---|
| 1447 | } |
---|
| 1448 | // dla organizmu 0 (o rozmiarze grup z 1) |
---|
| 1449 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[1]; i++) |
---|
| 1450 | { |
---|
| 1451 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[0]->operator[](i) = false; |
---|
| 1452 | } |
---|
| 1453 | |
---|
| 1454 | // szukamy na nowo minimum dla Part o indeksie iIndex[ iZDrugim ] w organizmie iZDrugim |
---|
| 1455 | // wsrod niedopasowanych Parts z organizmu 1 - iZDrugim |
---|
| 1456 | dMinimum = HUGE_VAL; |
---|
| 1457 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[ 1 - iZDrugim ]; i++) |
---|
| 1458 | { |
---|
| 1459 | if (!(m_pMatching->IsMatched( |
---|
| 1460 | 1 - iZDrugim, |
---|
| 1461 | aiKoniecPierwszejGrupy[ 1 - iZDrugim ] + i))) |
---|
| 1462 | { |
---|
| 1463 | // szukamy minimum obliczonej lokalnej odleglosci tylko wsrod |
---|
| 1464 | // niedopasowanych jeszcze Parts |
---|
| 1465 | if (iZDrugim == 0) |
---|
| 1466 | { |
---|
| 1467 | // teraz niestety musimy rozpoznac odpowiedni organizm |
---|
| 1468 | // zeby moc indeksowac niesymetryczna tablice |
---|
| 1469 | if (aadOdleglosciParts[ iIndex[0] ][ i ] < dMinimum) |
---|
| 1470 | { |
---|
| 1471 | dMinimum = aadOdleglosciParts[ iIndex[0] ][ i ]; |
---|
| 1472 | } |
---|
| 1473 | // przy okazji - sprawdz, czy HUGE_VAL jest rzeczywiscie max dla double |
---|
| 1474 | assert(aadOdleglosciParts[ iIndex[0] ][ i ] < HUGE_VAL); |
---|
| 1475 | |
---|
| 1476 | } |
---|
| 1477 | else |
---|
| 1478 | { |
---|
| 1479 | if (aadOdleglosciParts[ i ][ iIndex[1] ] < dMinimum) |
---|
| 1480 | { |
---|
| 1481 | dMinimum = aadOdleglosciParts[ i ][ iIndex[1] ]; |
---|
| 1482 | } |
---|
| 1483 | // przy okazji - sprawdz, czy HUGE_VAL jest rzeczywiscie max dla double |
---|
| 1484 | assert(aadOdleglosciParts[ i ][ iIndex[1] ] < HUGE_VAL); |
---|
| 1485 | } |
---|
| 1486 | } |
---|
| 1487 | } |
---|
| 1488 | // sprawdz, czy minimum znaleziono - musi takie byc, bo jest cos niedopasowanego |
---|
| 1489 | assert((dMinimum >= 0.0) && (dMinimum < HUGE_VAL)); |
---|
| 1490 | |
---|
| 1491 | // teraz zaznaczamy w tablicy te wszystkie Parts, ktore maja |
---|
| 1492 | // rzeczywiscie te minimalne odleglosci do Part w organizmie iZDrugim |
---|
| 1493 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[ 1 - iZDrugim ]; i++) |
---|
| 1494 | { |
---|
| 1495 | if (!(m_pMatching->IsMatched( |
---|
| 1496 | 1 - iZDrugim, |
---|
| 1497 | aiKoniecPierwszejGrupy[ 1 - iZDrugim ] + i))) |
---|
| 1498 | { |
---|
| 1499 | if (iZDrugim == 0) |
---|
| 1500 | { |
---|
| 1501 | // teraz niestety musimy rozpoznac odpowiedni organizm |
---|
| 1502 | // zeby moc indeksowac niesymetryczna tablice |
---|
| 1503 | if (aadOdleglosciParts[ iIndex[0] ][ i ] == dMinimum) |
---|
| 1504 | { |
---|
| 1505 | // jesli w danym miejscu tablicy odleglosci jest faktyczne |
---|
| 1506 | // minimum odleglosci, to mamy potencjalna pare dla iIndex[1] |
---|
| 1507 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[0]->operator[](i) = true; |
---|
| 1508 | } |
---|
| 1509 | } |
---|
| 1510 | else |
---|
| 1511 | { |
---|
| 1512 | if (aadOdleglosciParts[ i ][ iIndex[1] ] == dMinimum) |
---|
| 1513 | { |
---|
| 1514 | apvbCzyMinimalnaOdleglosc[1]->operator[](i) = true; |
---|
| 1515 | } |
---|
| 1516 | } |
---|
| 1517 | } |
---|
| 1518 | } |
---|
| 1519 | |
---|
| 1520 | // a teraz - po znalezieniu potencjalnych elementow do dopasowania |
---|
| 1521 | // dopasowujemy pierwszy z potencjalnych |
---|
| 1522 | iDopasowywany = -1; |
---|
| 1523 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[ 1 - iZDrugim ]; i++) |
---|
| 1524 | { |
---|
| 1525 | if (apvbCzyMinimalnaOdleglosc[iZDrugim]->operator[](i)) |
---|
| 1526 | { |
---|
| 1527 | iDopasowywany = i; |
---|
| 1528 | break; |
---|
| 1529 | } |
---|
| 1530 | } |
---|
| 1531 | // musielismy znalezc jakiegos dopasowywanego |
---|
| 1532 | assert((iDopasowywany >= 0) && |
---|
| 1533 | (iDopasowywany < aiRozmiarCalychGrup[ 1 - iZDrugim ])); |
---|
| 1534 | |
---|
| 1535 | // no to juz mozemy dopasowac |
---|
| 1536 | m_pMatching->Match( |
---|
| 1537 | iZDrugim, |
---|
| 1538 | aiKoniecPierwszejGrupy[ iZDrugim ] + iIndex[ iZDrugim ], |
---|
| 1539 | 1 - iZDrugim, |
---|
| 1540 | aiKoniecPierwszejGrupy[ 1 - iZDrugim ] + iDopasowywany); |
---|
| 1541 | DB(printf("Przypadek 2.1.: dopasowane Parts dopasowaniebz drugim: (%2i, %2i)\n", aiKoniecPierwszejGrupy[ iZDrugim ] + iIndex[ iZDrugim ], aiKoniecPierwszejGrupy[ 1 - iZDrugim ] + iDopasowywany);) |
---|
| 1542 | |
---|
| 1543 | //aiKoniecPierwszejGrupy[ 1-iBezDrugiego ] + iDopasowywany ;) |
---|
| 1544 | //aiKoniecPierwszejGrupy[ 1-iBezDrugiego ] + iDopasowywany ;) |
---|
| 1545 | // zmniejsz liczby niedopasowanych elementow w grupach |
---|
| 1546 | aiRozmiarGrupy[0]--; |
---|
| 1547 | aiRozmiarGrupy[1]--; |
---|
| 1548 | |
---|
| 1549 | } |
---|
| 1550 | else |
---|
| 1551 | { |
---|
| 1552 | // jedna z grup sie juz wyczerpala |
---|
| 1553 | // wiec nie ma mozliwosci dopasowania tego drugiego Partu |
---|
| 1554 | /// i trzeba poczekac na zmiane grupy |
---|
| 1555 | } |
---|
| 1556 | |
---|
| 1557 | DB(printf("Przypadek 2.\n");) |
---|
| 1558 | |
---|
| 1559 | }// PRZYPADEK 2. |
---|
| 1560 | else |
---|
| 1561 | { |
---|
| 1562 | // PRZYPADEK 3. Zaden z Parts nie ma na liscie drugiego |
---|
| 1563 | // AKCJA. Niezalezne dopasowanie obu Parts do pierwszych ze swojej listy |
---|
| 1564 | |
---|
| 1565 | // najpierw dopasujemy do iIndex[0] w organizmie 0 |
---|
| 1566 | int iDopasowywany = -1; |
---|
| 1567 | // poszukujemy pierwszego z listy dopasowania - w organizmie 1 |
---|
| 1568 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[1]; i++) |
---|
| 1569 | { |
---|
| 1570 | if (apvbCzyMinimalnaOdleglosc[0]->operator[](i)) |
---|
| 1571 | { |
---|
| 1572 | iDopasowywany = i; |
---|
| 1573 | break; |
---|
| 1574 | } |
---|
| 1575 | } |
---|
| 1576 | // musielismy znalezc jakiegos dopasowywanego |
---|
| 1577 | assert((iDopasowywany >= 0) && |
---|
| 1578 | (iDopasowywany < aiRozmiarCalychGrup[1])); |
---|
| 1579 | |
---|
| 1580 | // teraz wlasnie dopasowujemy |
---|
| 1581 | m_pMatching->Match( |
---|
| 1582 | 0, |
---|
| 1583 | aiKoniecPierwszejGrupy[0] + iIndex[0], |
---|
| 1584 | 1, |
---|
| 1585 | aiKoniecPierwszejGrupy[1] + iDopasowywany); |
---|
| 1586 | |
---|
| 1587 | // zmniejszamy liczbe niedopasowanych Parts |
---|
| 1588 | aiRozmiarGrupy[0]--; |
---|
| 1589 | aiRozmiarGrupy[1]--; |
---|
| 1590 | |
---|
| 1591 | // debug - dopasowanie |
---|
| 1592 | DB(printf("Przypadek 3.: dopasowane Parts: (%2i, %2i)\n", aiKoniecPierwszejGrupy[0] |
---|
| 1593 | + iIndex[0], aiKoniecPierwszejGrupy[1] + iDopasowywany);) |
---|
| 1594 | |
---|
| 1595 | // teraz dopasowujemy do iIndex[1] w organizmie 1 |
---|
| 1596 | iDopasowywany = -1; |
---|
| 1597 | // poszukujemy pierwszego z listy dopasowania - w organizmie 0 |
---|
| 1598 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[0]; i++) |
---|
| 1599 | { |
---|
| 1600 | if (apvbCzyMinimalnaOdleglosc[1]->operator[](i)) |
---|
| 1601 | { |
---|
| 1602 | iDopasowywany = i; |
---|
| 1603 | break; |
---|
| 1604 | } |
---|
| 1605 | } |
---|
| 1606 | // musielismy znalezc jakiegos dopasowywanego |
---|
| 1607 | assert((iDopasowywany >= 0) && |
---|
| 1608 | (iDopasowywany < aiRozmiarCalychGrup[0])); |
---|
| 1609 | |
---|
| 1610 | // no i teraz realizujemy dopasowanie |
---|
| 1611 | m_pMatching->Match( |
---|
| 1612 | 0, |
---|
| 1613 | aiKoniecPierwszejGrupy[0] + iDopasowywany, |
---|
| 1614 | 1, |
---|
| 1615 | aiKoniecPierwszejGrupy[1] + iIndex[1]); |
---|
| 1616 | |
---|
| 1617 | // zmniejszamy liczbe niedopasowanych Parts |
---|
| 1618 | aiRozmiarGrupy[0]--; |
---|
| 1619 | aiRozmiarGrupy[1]--; |
---|
| 1620 | |
---|
| 1621 | // debug - dopasowanie |
---|
| 1622 | DB(printf("Przypadek 3.: dopasowane Parts: (%2i, %2i)\n", aiKoniecPierwszejGrupy[0] |
---|
| 1623 | + iDopasowywany, aiKoniecPierwszejGrupy[1] + iIndex[1]);) |
---|
| 1624 | |
---|
| 1625 | |
---|
| 1626 | } // PRZYPADEK 3. |
---|
| 1627 | |
---|
| 1628 | }// if (! bCzyKoniecGrupy) |
---|
| 1629 | else |
---|
| 1630 | { |
---|
| 1631 | // gdy mamy już koniec grup - musimy zlikwidować tablicę aadOdleglosciParts |
---|
| 1632 | // bo za chwilke skonczy sie nam petla |
---|
| 1633 | for (i = 0; i < aiRozmiarCalychGrup[0]; i++) |
---|
| 1634 | { |
---|
| 1635 | SAFEDELETEARRAY(aadOdleglosciParts[i]); |
---|
| 1636 | } |
---|
| 1637 | SAFEDELETEARRAY(aadOdleglosciParts); |
---|
| 1638 | |
---|
| 1639 | // musimy tez usunac tablice (wektory) mozliwosci dopasowania |
---|
| 1640 | SAFEDELETE(apvbCzyMinimalnaOdleglosc[0]); |
---|
| 1641 | SAFEDELETE(apvbCzyMinimalnaOdleglosc[1]); |
---|
| 1642 | } |
---|
| 1643 | } // while (! bCzyKoniecGrupy) |
---|
| 1644 | |
---|
| 1645 | // PO DOPASOWANIU WSZYSTKIEGO Z GRUP (CO NAJMNIEJ JEDNEJ GRUPY W CAŁOŚCI) |
---|
| 1646 | |
---|
| 1647 | // gdy rozmiar ktorejkolwiek z grup dopasowania spadl do zera |
---|
| 1648 | // to musimy przesunac KoniecPierwszejGrupy (wszystkie dopasowane) |
---|
| 1649 | for (i = 0; i < 2; i++) |
---|
| 1650 | { |
---|
| 1651 | // grupy nie moga miec mniejszego niz 0 rozmiaru |
---|
| 1652 | assert(aiRozmiarGrupy[i] >= 0); |
---|
| 1653 | if (aiRozmiarGrupy[i] == 0) |
---|
| 1654 | aiKoniecPierwszejGrupy[i] = aiKoniecGrupyDopasowania[i]; |
---|
| 1655 | } |
---|
| 1656 | |
---|
| 1657 | // sprawdzenie warunku konca dopasowywania - gdy nie |
---|
| 1658 | // ma juz w jakims organizmie co dopasowywac |
---|
| 1659 | if (aiKoniecPierwszejGrupy[0] >= m_aiPartCount[0] || |
---|
| 1660 | aiKoniecPierwszejGrupy[1] >= m_aiPartCount[1]) |
---|
| 1661 | { |
---|
| 1662 | iCzyDopasowane = 1; |
---|
| 1663 | } |
---|
| 1664 | } // koniec WHILE - petli dopasowania |
---|
| 1665 | } |
---|
| 1666 | |
---|
| 1667 | /** Matches Parts in both organisms so that computation of similarity is possible. |
---|
| 1668 | New algorithm (assures symmetry of the similarity measure) with geometry |
---|
| 1669 | taken into consideration. |
---|
| 1670 | Assumptions: |
---|
| 1671 | - Models (m_Mod) are created and available. |
---|
| 1672 | - Matching (m_pMatching) is created, but empty |
---|
| 1673 | Exit conditions: |
---|
| 1674 | - Matching (m_pMatching) is full |
---|
| 1675 | @return 1 if success, 0 otherwise |
---|
| 1676 | */ |
---|
| 1677 | int ModelSimil::MatchPartsGeometry() |
---|
| 1678 | { |
---|
| 1679 | // zaloz, ze sa modele i sa poprawne |
---|
| 1680 | assert((m_Mod[0] != NULL) && (m_Mod[1] != NULL)); |
---|
| 1681 | assert(m_Mod[0]->isValid() && m_Mod[1]->isValid()); |
---|
| 1682 | |
---|
| 1683 | if (!CreatePartInfoTables()) |
---|
| 1684 | return 0; |
---|
| 1685 | if (!CountPartDegrees()) |
---|
| 1686 | return 0; |
---|
| 1687 | if (!GetPartPositions()) |
---|
| 1688 | { |
---|
| 1689 | return 0; |
---|
| 1690 | } |
---|
| 1691 | if (!CountPartNeurons()) |
---|
| 1692 | return 0; |
---|
| 1693 | |
---|
| 1694 | |
---|
| 1695 | if (m_adFactors[3] > 0) |
---|
| 1696 | { |
---|
| 1697 | if (!ComputePartsPositionsBySVD()) |
---|
| 1698 | { |
---|
| 1699 | return 0; |
---|
| 1700 | } |
---|
| 1701 | } |
---|
| 1702 | |
---|
| 1703 | DB(printf("Przed sortowaniem:\n");) |
---|
| 1704 | DB(_PrintDegrees(0);) |
---|
| 1705 | DB(_PrintDegrees(1);) |
---|
| 1706 | |
---|
| 1707 | if (!SortPartInfoTables()) |
---|
| 1708 | return 0; |
---|
| 1709 | |
---|
| 1710 | DB(printf("Po sortowaniu:\n");) |
---|
| 1711 | DB(_PrintDegrees(0);) |
---|
| 1712 | DB(_PrintDegrees(1);) |
---|
| 1713 | |
---|
| 1714 | if (m_adFactors[3] > 0) |
---|
| 1715 | { |
---|
| 1716 | // tutaj zacznij pętlę po przekształceniach geometrycznych |
---|
| 1717 | const int NO_OF_TRANSFORM = 8; // liczba transformacji geometrycznych (na razie tylko ID i O_YZ) |
---|
| 1718 | // tablice transformacji współrzędnych; nie są to dokładnie tablice tranformacji, ale raczej tablice PRZEJŚĆ |
---|
| 1719 | // pomiędzy transformacjami; |
---|
| 1720 | // wartości orginalne transformacji dOrig uzyskuje się przez: |
---|
| 1721 | // for ( iTrans = 0; iTrans <= TRANS_INDEX; iTrans++ ) dOrig *= dMul[ iTrans ]; |
---|
[361] | 1722 | //const char *szTransformNames[NO_OF_TRANSFORM] = { "ID", "S_yz", "S_xz", "S_xy", "R180_z", "R180_y", "R180_z", "S_(0,0,0)" }; |
---|
[349] | 1723 | const int dMulX[ NO_OF_TRANSFORM ] = {1, -1, -1, 1, -1, 1, -1, -1}; |
---|
| 1724 | const int dMulY[ NO_OF_TRANSFORM ] = {1, 1, -1, -1, -1, -1, -1, 1}; |
---|
| 1725 | const int dMulZ[ NO_OF_TRANSFORM ] = {1, 1, 1, -1, -1, -1, 1, 1}; |
---|
| 1726 | |
---|
[361] | 1727 | #ifdef max |
---|
| 1728 | #undef max //this macro would conflict with line below |
---|
| 1729 | #endif |
---|
[349] | 1730 | double dMinSimValue = std::numeric_limits<double>::max(); // minimum value of similarity |
---|
| 1731 | int iMinSimTransform = -1; // index of the transformation with the minimum similarity |
---|
| 1732 | SimilMatching *pMinSimMatching = NULL; // matching with the minimum value of similarity |
---|
| 1733 | |
---|
| 1734 | // remember the original positions of model 0 as computed by SVD in order to restore them later, after |
---|
| 1735 | // all transformations have been computed |
---|
| 1736 | Pt3D *StoredPositions = NULL; // array of positions of Parts, for one (0th) model |
---|
| 1737 | // create the stored positions |
---|
| 1738 | StoredPositions = new Pt3D[ m_Mod[ 0 ]->getPartCount() ]; |
---|
| 1739 | assert(StoredPositions != NULL); |
---|
| 1740 | // copy the original positions of model 0 (store them) |
---|
| 1741 | int iPart; // a counter of Parts |
---|
| 1742 | for (iPart = 0; iPart < m_Mod[ 0 ]->getPartCount(); iPart++) |
---|
| 1743 | { |
---|
| 1744 | StoredPositions[ iPart ].x = m_aPositions[ 0 ][ iPart ].x; |
---|
| 1745 | StoredPositions[ iPart ].y = m_aPositions[ 0 ][ iPart ].y; |
---|
| 1746 | StoredPositions[ iPart ].z = m_aPositions[ 0 ][ iPart ].z; |
---|
| 1747 | } |
---|
| 1748 | // now the original positions of model 0 are stored |
---|
| 1749 | |
---|
| 1750 | |
---|
| 1751 | int iTransform; // a counter of geometric transformations |
---|
| 1752 | for (iTransform = 0; iTransform < NO_OF_TRANSFORM; iTransform++) |
---|
| 1753 | { |
---|
| 1754 | // for each geometric transformation to be done |
---|
| 1755 | // entry conditions: |
---|
| 1756 | // - models (m_Mod) exist and are available |
---|
| 1757 | // - matching (m_pMatching) exists and is empty |
---|
| 1758 | // - all properties are created and available (m_aDegrees and m_aPositions) |
---|
| 1759 | |
---|
| 1760 | // recompute geometric properties according to the transformation iTransform |
---|
| 1761 | // but only for model 0 |
---|
| 1762 | for (iPart = 0; iPart < m_Mod[ 0 ]->getPartCount(); iPart++) |
---|
| 1763 | { |
---|
| 1764 | // for each iPart, a part of the model iMod |
---|
| 1765 | m_aPositions[ 0 ][ iPart ].x *= dMulX[ iTransform ]; |
---|
| 1766 | m_aPositions[ 0 ][ iPart ].y *= dMulY[ iTransform ]; |
---|
| 1767 | m_aPositions[ 0 ][ iPart ].z *= dMulZ[ iTransform ]; |
---|
| 1768 | } |
---|
| 1769 | // now the positions are recomputed |
---|
| 1770 | ComputeMatching(); |
---|
| 1771 | |
---|
| 1772 | // teraz m_pMatching istnieje i jest pełne |
---|
| 1773 | assert(m_pMatching != NULL); |
---|
| 1774 | assert(m_pMatching->IsFull() == true); |
---|
| 1775 | |
---|
| 1776 | // wykorzystaj to dopasowanie i geometrię do obliczenia tymczasowej wartości miary |
---|
| 1777 | int iTempRes = CountPartsDistance(); |
---|
| 1778 | // załóż sukces |
---|
| 1779 | assert(iTempRes == 1); |
---|
| 1780 | double dCurrentSim = m_adFactors[0] * double(m_iDV) + |
---|
| 1781 | m_adFactors[1] * double(m_iDD) + |
---|
| 1782 | m_adFactors[2] * double(m_iDN) + |
---|
| 1783 | m_adFactors[3] * double(m_dDG); |
---|
| 1784 | // załóż poprawną wartość podobieństwa |
---|
| 1785 | assert(dCurrentSim >= 0.0); |
---|
| 1786 | |
---|
| 1787 | // porównaj wartość obliczoną z dotychczasowym minimum |
---|
| 1788 | if (dCurrentSim < dMinSimValue) |
---|
| 1789 | { |
---|
| 1790 | // jeśli uzyskano mniejszą wartość dopasowania, |
---|
| 1791 | // to zapamiętaj to przekształcenie geometryczne i dopasowanie |
---|
| 1792 | dMinSimValue = dCurrentSim; |
---|
| 1793 | iMinSimTransform = iTransform; |
---|
| 1794 | SAFEDELETE(pMinSimMatching); |
---|
| 1795 | pMinSimMatching = new SimilMatching(*m_pMatching); |
---|
| 1796 | assert(pMinSimMatching != NULL); |
---|
| 1797 | } |
---|
| 1798 | |
---|
| 1799 | // teraz już można usunąć stare dopasowanie (dla potrzeb następnego przebiegu pętli) |
---|
| 1800 | m_pMatching->Empty(); |
---|
| 1801 | } // for ( iTransform ) |
---|
| 1802 | |
---|
| 1803 | // po pętli przywróć najlepsze dopasowanie |
---|
| 1804 | delete m_pMatching; |
---|
| 1805 | m_pMatching = pMinSimMatching; |
---|
| 1806 | |
---|
| 1807 | DB(printf("Matching has been chosen!\n");) |
---|
| 1808 | // print the name of the chosen transformation: |
---|
| 1809 | // printf("Chosen transformation: %s\n", szTransformNames[ iMinSimTransform ] ); |
---|
| 1810 | |
---|
| 1811 | // i przywróć jednocześnie pozycje Parts modelu 0 dla tego dopasowania |
---|
| 1812 | // - najpierw przywroc Parts pozycje orginalne, po SVD |
---|
| 1813 | for (iPart = 0; iPart < m_Mod[ 0 ]->getPartCount(); iPart++) |
---|
| 1814 | { |
---|
| 1815 | m_aPositions[ 0 ][ iPart ].x = StoredPositions[ iPart ].x; |
---|
| 1816 | m_aPositions[ 0 ][ iPart ].y = StoredPositions[ iPart ].y; |
---|
| 1817 | m_aPositions[ 0 ][ iPart ].z = StoredPositions[ iPart ].z; |
---|
| 1818 | } |
---|
| 1819 | // - usun teraz zapamietane pozycje Parts |
---|
| 1820 | delete [] StoredPositions; |
---|
| 1821 | // - a teraz oblicz na nowo wspolrzedne wlasciwego przeksztalcenia dla model 0 |
---|
| 1822 | for (iTransform = 0; iTransform <= iMinSimTransform; iTransform++) |
---|
| 1823 | { |
---|
| 1824 | // for each transformation before and INCLUDING iMinTransform |
---|
| 1825 | // do the transformation (only model 0) |
---|
| 1826 | for (iPart = 0; iPart < m_Mod[ 0 ]->getPartCount(); iPart++) |
---|
| 1827 | { |
---|
| 1828 | m_aPositions[ 0 ][ iPart ].x *= dMulX[ iTransform ]; |
---|
| 1829 | m_aPositions[ 0 ][ iPart ].y *= dMulY[ iTransform ]; |
---|
| 1830 | m_aPositions[ 0 ][ iPart ].z *= dMulZ[ iTransform ]; |
---|
| 1831 | } |
---|
| 1832 | } |
---|
| 1833 | |
---|
| 1834 | } |
---|
| 1835 | else |
---|
| 1836 | { |
---|
| 1837 | ComputeMatching(); |
---|
| 1838 | } |
---|
| 1839 | // teraz dopasowanie musi byc pelne - co najmniej w jednym organizmie musza byc |
---|
| 1840 | // wszystkie elementy dopasowane |
---|
| 1841 | assert(m_pMatching->IsFull() == true); |
---|
| 1842 | |
---|
| 1843 | // _PrintDegrees(0); |
---|
| 1844 | // _PrintDegrees(1); |
---|
| 1845 | |
---|
| 1846 | DB(_PrintPartsMatching();) |
---|
| 1847 | |
---|
| 1848 | |
---|
| 1849 | return 1; |
---|
| 1850 | } |
---|
| 1851 | |
---|
| 1852 | void ModelSimil::_PrintSeamnessTable(std::vector<int> *pTable, int iCount) |
---|
| 1853 | { |
---|
| 1854 | int i; |
---|
| 1855 | printf(" "); |
---|
| 1856 | for (i = 0; i < iCount; i++) |
---|
| 1857 | printf("%3i ", i); |
---|
| 1858 | printf("\n "); |
---|
| 1859 | for (i = 0; i < iCount; i++) |
---|
| 1860 | { |
---|
| 1861 | |
---|
| 1862 | printf("%3i ", pTable->operator[](i)); |
---|
| 1863 | } |
---|
| 1864 | printf("\n"); |
---|
| 1865 | } |
---|
| 1866 | |
---|
| 1867 | /** Computes elements of similarity (m_iDD, m_iDN, m_dDG) based on underlying matching. |
---|
| 1868 | Assumptions: |
---|
| 1869 | - Matching (m_pMatching) exists and is full. |
---|
| 1870 | - Internal arrays m_aDegrees and m_aPositions exist and are properly filled in |
---|
| 1871 | Exit conditions: |
---|
| 1872 | - Elements of similarity are computed (m)iDD, m_iDN, m_dDG). |
---|
| 1873 | @return 1 if success, otherwise 0. |
---|
| 1874 | */ |
---|
| 1875 | int ModelSimil::CountPartsDistance() |
---|
| 1876 | { |
---|
| 1877 | int i, temp; |
---|
| 1878 | |
---|
| 1879 | // assume existence of m_pMatching |
---|
| 1880 | assert(m_pMatching != NULL); |
---|
| 1881 | // musi byc pelne! |
---|
| 1882 | assert(m_pMatching->IsFull() == true); |
---|
| 1883 | |
---|
| 1884 | // roznica w stopniach |
---|
| 1885 | m_iDD = 0; |
---|
| 1886 | // roznica w liczbie neuronów |
---|
| 1887 | m_iDN = 0; |
---|
| 1888 | // roznica w odleglosci dopasowanych Parts |
---|
| 1889 | m_dDG = 0.0; |
---|
| 1890 | |
---|
| 1891 | int iOrgPart, iOrgMatchedPart; // orginalny indeks Part i jego dopasowanego Part |
---|
| 1892 | int iMatchedPart; // indeks (wg sortowania) dopasowanego Part |
---|
| 1893 | |
---|
| 1894 | // wykorzystanie dopasowania do zliczenia m_iDD - roznicy w stopniach |
---|
| 1895 | // i m_iDN - roznicy w liczbie neuronow |
---|
| 1896 | // petla w wiekszej tablicy |
---|
| 1897 | for (i = 0; i < m_aiPartCount[1 - m_iSmaller]; i++) |
---|
| 1898 | { |
---|
| 1899 | // dla kazdego elementu [i] z wiekszego organizmu |
---|
| 1900 | // pobierz jego orginalny indeks w organizmie z tablicy TDN |
---|
| 1901 | iOrgPart = m_aDegrees[ 1 - m_iSmaller ][ i ][ 0 ]; |
---|
| 1902 | if (!(m_pMatching->IsMatched(1 - m_iSmaller, i))) |
---|
| 1903 | { |
---|
| 1904 | // gdy nie zostal dopasowany |
---|
| 1905 | // dodaj jego stopien do DD |
---|
| 1906 | m_iDD += m_aDegrees[1 - m_iSmaller][i][1]; |
---|
| 1907 | // dodaj liczbe neuronow do DN |
---|
| 1908 | m_iDN += m_aDegrees[1 - m_iSmaller][i][3]; |
---|
| 1909 | // i oblicz odleglosc tego Part od srodka organizmu (0,0,0) |
---|
| 1910 | // (uzyj orginalnego indeksu) |
---|
| 1911 | //no need to compute distane when m_dDG weight is 0 |
---|
| 1912 | m_dDG += m_adFactors[3] == 0 ? 0 : m_aPositions[ 1 - m_iSmaller ][ iOrgPart ].length(); |
---|
| 1913 | } |
---|
| 1914 | else |
---|
| 1915 | { |
---|
| 1916 | // gdy byl dopasowany |
---|
| 1917 | // pobierz indeks (po sortowaniu) tego dopasowanego Part |
---|
| 1918 | iMatchedPart = m_pMatching->GetMatchedIndex(1 - m_iSmaller, i); |
---|
| 1919 | // pobierz indeks orginalny tego dopasowanego Part |
---|
| 1920 | iOrgMatchedPart = m_aDegrees[ m_iSmaller ][ iMatchedPart ][0]; |
---|
| 1921 | // dodaj ABS roznicy stopni do DD |
---|
| 1922 | temp = m_aDegrees[1 - m_iSmaller][i][1] - |
---|
| 1923 | m_aDegrees[ m_iSmaller ][ iMatchedPart ][1]; |
---|
| 1924 | m_iDD += abs(temp); |
---|
| 1925 | // dodaj ABS roznicy neuronow do DN |
---|
| 1926 | temp = m_aDegrees[1 - m_iSmaller][i][3] - |
---|
| 1927 | m_aDegrees[ m_iSmaller ][ iMatchedPart ][3]; |
---|
| 1928 | m_iDN += abs(temp); |
---|
| 1929 | // pobierz polozenie dopasowanego Part |
---|
| 1930 | Pt3D MatchedPartPos(m_aPositions[ m_iSmaller ][ iOrgMatchedPart ]); |
---|
| 1931 | // dodaj euklidesowa odleglosc Parts do sumy odleglosci |
---|
| 1932 | //no need to compute distane when m_dDG weight is 0 |
---|
| 1933 | m_dDG +=m_adFactors[3] == 0 ? 0 : m_aPositions[ 1 - m_iSmaller ][ iOrgPart ].distanceTo(MatchedPartPos); |
---|
| 1934 | } |
---|
| 1935 | } |
---|
| 1936 | |
---|
| 1937 | // obliczenie i dodanie różnicy w liczbie neuronów OnJoint... |
---|
| 1938 | temp = m_aOnJoint[0][3] - m_aOnJoint[1][3]; |
---|
| 1939 | m_iDN += abs(temp); |
---|
| 1940 | DB(printf("OnJoint DN: %i\n", abs(temp));) |
---|
| 1941 | // ... i Anywhere |
---|
| 1942 | temp = m_aAnywhere[0][3] - m_aAnywhere[1][3]; |
---|
| 1943 | m_iDN += abs(temp); |
---|
| 1944 | DB(printf("Anywhere DN: %i\n", abs(temp));) |
---|
| 1945 | |
---|
| 1946 | return 1; |
---|
| 1947 | } |
---|
| 1948 | |
---|
| 1949 | /** Computes new positions of Parts of both of organisms stored in the object. |
---|
| 1950 | Assumptions: |
---|
| 1951 | - models (m_Mod) are created and valid |
---|
| 1952 | - positions (m_aPositions) are created and filled with original positions of Parts |
---|
| 1953 | - the sorting algorithm was not yet run on the array m_aDegrees |
---|
| 1954 | @return true if successful; false otherwise |
---|
| 1955 | */ |
---|
| 1956 | bool ModelSimil::ComputePartsPositionsBySVD() |
---|
| 1957 | { |
---|
| 1958 | bool bResult = true; // the result; assume a success |
---|
| 1959 | |
---|
| 1960 | // check assumptions |
---|
| 1961 | // the models |
---|
| 1962 | assert(m_Mod[0] != NULL && m_Mod[0]->isValid()); |
---|
| 1963 | assert(m_Mod[1] != NULL && m_Mod[1]->isValid()); |
---|
| 1964 | // the position arrays |
---|
| 1965 | assert(m_aPositions[0] != NULL); |
---|
| 1966 | assert(m_aPositions[1] != NULL); |
---|
| 1967 | |
---|
| 1968 | int iMod; // a counter of models |
---|
| 1969 | // use SVD to obtain different point of view on organisms |
---|
| 1970 | // and store the new positions (currently the original ones are still stored) |
---|
| 1971 | for (iMod = 0; iMod < 2; iMod++) |
---|
| 1972 | { |
---|
| 1973 | // prepare the vector of errors of approximation for the SVD |
---|
| 1974 | std::vector<double> vEigenvalues; |
---|
| 1975 | int nSize = m_Mod[ iMod ]->getPartCount(); |
---|
| 1976 | |
---|
| 1977 | double *pDistances = (double *) malloc(nSize * nSize * sizeof (double)); |
---|
| 1978 | |
---|
| 1979 | for (int i = 0; i < nSize; i++) |
---|
| 1980 | { |
---|
| 1981 | pDistances[i] = 0; |
---|
| 1982 | } |
---|
| 1983 | |
---|
| 1984 | Model *pModel = m_Mod[ iMod ]; // use the model of the iMod (current) organism |
---|
| 1985 | int iP1, iP2; // indices of Parts in the model |
---|
| 1986 | Part *P1, *P2; // pointers to Parts |
---|
| 1987 | Pt3D P1Pos, P2Pos; // positions of parts |
---|
| 1988 | double dDistance; // the distance between Parts |
---|
| 1989 | for (iP1 = 0; iP1 < pModel->getPartCount(); iP1++) |
---|
| 1990 | { |
---|
| 1991 | // for each iP1, a Part index in the model of organism iMod |
---|
| 1992 | P1 = pModel->getPart(iP1); |
---|
| 1993 | // get the position of the Part |
---|
| 1994 | P1Pos = P1->p; |
---|
| 1995 | for (iP2 = 0; iP2 < pModel->getPartCount(); iP2++) |
---|
| 1996 | { |
---|
| 1997 | // for each (iP1, iP2), a pair of Parts index in the model |
---|
| 1998 | P2 = pModel->getPart(iP2); |
---|
| 1999 | // get the position of the Part |
---|
| 2000 | P2Pos = P2->p; |
---|
| 2001 | // compute the geometric (Euclidean) distance between the Parts |
---|
| 2002 | dDistance = P1Pos.distanceTo(P2Pos); |
---|
| 2003 | // store the distance |
---|
| 2004 | pDistances[iP1 * nSize + iP2] = dDistance; |
---|
| 2005 | } // for (iP2) |
---|
| 2006 | } // for (iP1) |
---|
| 2007 | |
---|
| 2008 | MatrixTools::SVD(vEigenvalues, nSize, pDistances, m_aPositions[ iMod ]); |
---|
| 2009 | free(pDistances); |
---|
| 2010 | } |
---|
| 2011 | |
---|
| 2012 | return bResult; |
---|
| 2013 | } |
---|
| 2014 | |
---|
| 2015 | void ModelSimil::p_evaldistance(ExtValue *args, ExtValue *ret) |
---|
| 2016 | { |
---|
| 2017 | Geno *g1 = GenoObj::fromObject(args[1]); |
---|
| 2018 | Geno *g2 = GenoObj::fromObject(args[0]); |
---|
| 2019 | if ((!g1) || (!g2)) |
---|
| 2020 | ret->setEmpty(); |
---|
| 2021 | else |
---|
| 2022 | ret->setDouble(EvaluateDistance(g1, g2)); |
---|
[356] | 2023 | } |
---|