source: cpp/frams/genetics/genoconv.cpp

Last change on this file was 1256, checked in by Maciej Komosinski, 12 months ago
  • reasonable field names for enabling converters
  • automatically attach converter Param to GenoConvParam?
  • Property svn:eol-style set to native
File size: 5.6 KB
Line 
1// This file is a part of Framsticks SDK.  http://www.framsticks.com/
2// Copyright (C) 1999-2023  Maciej Komosinski and Szymon Ulatowski.
3// See LICENSE.txt for details.
4
5#include <common/nonstd.h>
6
7#include <stdlib.h>
8#include <math.h>
9#include <stdio.h>
10#include <string.h>
11#include <ctype.h>
12#include <time.h>
13#include <errno.h>
14
15#include "genoconv.h"
16#include <frams/util/multimap.h>
17#include <common/util-string.h>
18
19///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
20
21GenoConvParam::GenoConvParam(GenoConvManager *g) :Param(), gcm(g)
22{
23        updatetab();
24}
25
26void GenoConvParam::freetab()
27{
28        if (tab) free(tab);
29        tab = 0;
30}
31
32const char *GenoConvParam::id(int i)
33{
34        if (i >= gcm->converters.size()) return 0;
35        sprintf(tmp_id, "genoconv_%s", ((GenoConverter*)gcm->converters(i))->id().c_str());
36        return tmp_id;
37}
38
39void GenoConvParam::updatetab()
40{
41        int i;
42        GenoConverter *gk;
43        ParamEntry *pe;
44        int ile = gcm->converters.size();
45        freetab();
46        tab = (ParamEntry*)calloc(2 + ile, sizeof(ParamEntry));
47        tab[0].id = "Genetics: Converters";
48        tab[0].group = 1;
49        tab[0].flags = (paInt)ile;
50        tab[0].name = "gkparam:";
51        gcnames.clear();
52        gcnames.reserve(gcm->converters.size()); //avoid reallocations in the loop below, since we externally store pointers to objects saved in this vector
53        for (i = 0, pe = tab + 1; gk = (GenoConverter *)gcm->converters(i); pe++, i++)
54        {
55                pe->id = "?";
56                pe->group = 0;
57                pe->flags = 0;
58                std::string descr = "f";
59                descr += gk->in_format.c_str();
60                descr += " --> f";
61                descr += gk->out_format.c_str();
62                descr += "  :  ";
63                descr += gk->name;
64                gcnames.push_back(descr);
65                pe->name = gcnames.back().c_str(); //externally store a pointer to the object just saved in the vector
66                pe->type = "d 0 1";
67        }
68        pe->id = 0;
69}
70
71GenoConvParam::~GenoConvParam()
72{
73        freetab();
74}
75
76void *GenoConvParam::getTarget(int i)
77{
78        GenoConverter *gk = (GenoConverter *)gcm->converters(i);
79        return &gk->enabled;
80}
81
82GenoConvManager::GenoConvManager()
83        :conv_enabling_param(this),
84        param("GenoConverters", "Converters between genetic formats")
85{
86        param += &conv_enabling_param;
87}
88
89GenoConvManager::~GenoConvManager()
90{
91        FOREACH(GenoConverter*, gc, converters) delete gc;
92}
93
94void GenoConvManager::addConverter(GenoConverter *gc)
95{
96        converters += gc;
97        auto *pi = gc->getParam();
98        if (pi)
99                param += pi;
100        conv_enabling_param.updatetab();
101}
102
103void GenoConvManager::removeConverter(GenoConverter *gc)
104{
105        converters -= gc;
106        auto *pi = gc->getParam();
107        if (pi)
108                param -= pi;
109        conv_enabling_param.updatetab();
110}
111
112GenoConverter *GenoConvManager::findConverters(SListTempl<GenoConverter*>* result, const SString& in, const SString& out, int enabled, char* name)
113{
114        GenoConverter *gk, *retval = 0;
115        int i = 0;
116        for (; gk = (GenoConverter*)converters(i); i++)
117        {
118                if ((in != Geno::FORMAT_UNKNOWN) && (in != gk->in_format)) continue;
119                if ((out != Geno::FORMAT_UNKNOWN) && (out != gk->out_format)) continue;
120                if ((enabled != -1) && (enabled != gk->enabled)) continue;
121                if ((name) && (strcmp(name, gk->name))) continue;
122                if (!retval) { retval = gk; if (!result) break; }
123                if (result) result->append(gk);
124        }
125        return retval;
126}
127
128/// Writes path into 'path'.
129/// return the last path element (return >= path)
130/// null -> path not found
131/// @param mapavailable will receive 1 if conversion map is supported by all converters in path
132/// (can be NULL if you don't need this information)
133
134GenoConverter **GenoConvManager::getPath(const SString& in_format, const SString& out_format_list, GenoConverter **path, int maxlen, int *mapavailable)
135{
136        if (!maxlen) return 0;
137        GenoConverter *gk;
138        int i = 0;
139        for (; gk = (GenoConverter*)converters(i); i++)
140        {
141                if ((gk->enabled) && (gk->in_format == in_format))
142                {
143                        *path = gk;
144                        if (Geno::formatIsOneOf(gk->out_format, out_format_list))
145                        {
146                                if (mapavailable)
147                                        *mapavailable = gk->mapsupport;
148                                return path;
149                        }
150                        else
151                        {
152                                int mapavail;
153                                GenoConverter **ret = getPath(gk->out_format, out_format_list, path + 1, maxlen - 1, &mapavail);
154                                if (ret)
155                                {
156                                        if (mapavailable)
157                                                *mapavailable = gk->mapsupport && mapavail;
158                                        return ret;
159                                }
160                        }
161                }
162        }
163        return 0;
164}
165
166Geno GenoConvManager::convert(Geno &in, SString format_list, MultiMap *map, bool using_checkpoints, bool *converter_missing)
167{
168        if (Geno::formatIsOneOf(in.getFormat(), format_list))
169        {
170                if (converter_missing) *converter_missing = false;
171                return in;
172        }
173        GenoConverter *path[10];
174        int dep;
175        GenoConverter **ret;
176        if (in.isInvalid())
177        {
178                if (converter_missing) *converter_missing = false;
179                return Geno("", Geno::FORMAT_INVALID, "", "Invalid genotype cannot be converted");
180        }
181        int mapavail;
182        for (dep = 1; dep < (int)sizeof(path); dep++) //iterative deepening
183                if (ret = getPath(in.getFormat(), format_list, path, dep, &mapavail)) break;
184        if (!ret)
185        {
186                if (converter_missing) *converter_missing = true;
187                return Geno("", Geno::FORMAT_INVALID, "", "Converter not found");
188        }
189        if (converter_missing) *converter_missing = false;
190        if (!map) mapavail = 0;
191        GenoConverter **t = path;
192        SString tmp, out_format;
193        tmp = in.getGenes();
194        MultiMap lastmap, tmpmap;
195        int firstmap = 1;
196        for (; t <= ret; t++)
197        {
198                GenoConverter *gk = *t;
199                tmp = gk->convert(tmp, mapavail ? &tmpmap : 0, using_checkpoints);
200                out_format = gk->out_format;
201                if (!tmp.length())
202                {
203                        string t = ssprintf("f%s->f%s conversion failed (%s)", gk->in_format.c_str(), gk->out_format.c_str(), gk->name);
204                        return Geno("", Geno::FORMAT_INVALID, "", t.c_str());
205                }
206                if (mapavail)
207                {
208                        if (firstmap)
209                        {
210                                lastmap = tmpmap;
211                                firstmap = 0;
212                        }
213                        else
214                        {
215                                MultiMap m;
216                                m.addCombined(lastmap, tmpmap);
217                                lastmap = m;
218                        }
219                        tmpmap.clear();
220                }
221        }
222        if (map)
223                *map = lastmap;
224        return Geno(tmp, out_format, in.getName(), in.getComment());
225}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.