source: cpp/frams/genetics/geno.cpp @ 522

Last change on this file since 522 was 522, checked in by Maciej Komosinski, 4 years ago

Code formatting

  • Property svn:eol-style set to native
File size: 7.9 KB
Line 
1// This file is a part of Framsticks SDK.  http://www.framsticks.com/
2// Copyright (C) 1999-2015  Maciej Komosinski and Szymon Ulatowski.
3// See LICENSE.txt for details.
4
5#include "geno.h"
6#include "genoconv.h"
7#include <common/loggers/loggers.h>
8#include <common/stl-util.h>
9#include <frams/model/model.h>
10
11THREAD_LOCAL_DEF_PTR(Geno::Validators, geno_validators);
12THREAD_LOCAL_DEF_PTR(GenoConvManager, geno_converters);
13
14Geno::Validators* Geno::getValidators() { return tlsGetPtr(geno_validators); }
15GenoConvManager* Geno::getConverters() { return tlsGetPtr(geno_converters); }
16
17Geno::Validators* Geno::useValidators(Validators* val)
18{
19        return tlsSetPtr(geno_validators, val);
20}
21GenoConvManager* Geno::useConverters(GenoConvManager* gcm)
22{
23        return tlsSetPtr(geno_converters, gcm);
24}
25
26void Geno::init(const SString& genstring, char genformat, const SString& genname, const SString& comment)
27{
28        refcount = 1;
29        owner = 0;
30        f0gen = 0;
31        mapinshift = 0;
32        mapoutshift = 0;
33        isvalid = -1;
34        SString gencopy(genstring);
35        if (genformat == -1)
36        { // unknown format
37                genformat = '1';
38                if (genstring.charAt(0) == '/')
39                {
40                        int end, error_end = -1;
41                        switch (genstring.charAt(1))
42                        {
43                        case '/':
44                                genformat = genstring.charAt(2);
45                                if ((genformat == '\0') || isspace(genformat))
46                                        genformat = INVALID_FORMAT;
47                                if ((end = genstring.indexOf('\n')) >= 0)
48                                {
49                                        error_end = end;
50                                        if (end != 3) genformat = INVALID_FORMAT;
51                                        gencopy = genstring.substr(end + 1);
52                                        mapinshift = end + 1;
53                                }
54                                else
55                                {
56                                        if (genstring.len() != 3) genformat = INVALID_FORMAT;
57                                        gencopy = 0;
58                                        mapinshift = genstring.len();
59                                }
60                                break;
61                        case '*':
62                                genformat = genstring.charAt(2);
63                                if ((genformat == '\0') || isspace(genformat))
64                                        genformat = INVALID_FORMAT;
65                                if ((end = genstring.indexOf("*/")) >= 0)
66                                {
67                                        error_end = end + 2;
68                                        if (end != 3) genformat = INVALID_FORMAT;
69                                        gencopy = genstring.substr(end + 2);
70                                        mapinshift = end + 2;
71                                }
72                                else
73                                {
74                                        if (genstring.len() != 5) genformat = INVALID_FORMAT;
75                                        gencopy = 0;
76                                        mapinshift = genstring.len();
77                                }
78                                break;
79                        }
80                        if (genformat == INVALID_FORMAT)
81                        {
82                                SString cut;
83                                if (error_end<0) error_end = genstring.len();
84                                static const int MAX_ERROR = 20;
85                                if (error_end>MAX_ERROR)
86                                        cut = genstring.substr(0, MAX_ERROR) + "...";
87                                else
88                                        cut = genstring.substr(0, error_end);
89                                int lf = cut.indexOf('\n');
90                                if (lf >= 0) cut = cut.substr(0, lf);
91                                logPrintf("Geno", "init", LOG_ERROR, "Invalid genotype format declaration: '%s'%s", cut.c_str(), genname.len() ? SString::sprintf(" in '%s'", genname.c_str()).c_str() : "");
92                        }
93
94                }
95        }
96
97        gen = gencopy;
98        format = genformat;
99        name = genname;
100        txt = comment;
101        multiline = (strchr(gen.c_str(), '\n') != 0);
102        // mapoutshift...?
103}
104
105void Geno::freeF0()
106{
107        if (f0gen) { delete f0gen; f0gen = 0; }
108}
109
110Geno::Geno(const char *genstring, char genformat, const char *genname, const char *comment)
111{
112        init(SString(genstring), genformat, SString(genname), SString(comment));
113}
114
115Geno::Geno(const SString& genstring, char genformat, const SString& genname, const SString& comment)
116{
117        init(genstring, genformat, genname, comment);
118}
119
120Geno::Geno(const Geno& src)
121        :gen(src.gen), name(src.name), format(src.format), txt(src.txt), isvalid(src.isvalid),
122        f0gen(0), mapinshift(src.mapinshift), mapoutshift(src.mapinshift),
123        multiline(src.multiline), owner(0)
124{
125        f0gen = src.f0gen ? new Geno(*src.f0gen) : 0; refcount = 1;
126}
127
128void Geno::operator=(const Geno& src)
129{
130        freeF0();
131        gen = src.gen;
132        name = src.name;
133        format = src.format;
134        txt = src.txt;
135        isvalid = src.isvalid;
136        mapinshift = src.mapinshift;
137        mapoutshift = src.mapinshift;
138        multiline = src.multiline;
139        f0gen = src.f0gen ? new Geno(*src.f0gen) : 0;
140        owner = 0;
141}
142
143Geno::Geno(const SString& src)
144{
145        init(src, -1, SString::empty(), SString::empty());
146}
147
148void Geno::setGene(const SString& g, char newformat)
149{
150        gen = g;
151        isvalid = -1;
152        freeF0();
153        if (newformat >= 0) format = newformat;
154}
155
156void Geno::setString(const SString& g)
157{
158        freeF0();
159        init(g, -1, SString::empty(), SString::empty());
160}
161
162void Geno::setName(const SString& n)
163{
164        name = n;
165}
166
167void Geno::setComment(const SString& c)
168{
169        txt = c;
170}
171
172SString Geno::toString(void) const
173{
174        SString out;
175        int comment = 0;
176        if ((format != '1') || (comment = (txt.len() || name.len())))
177        {
178                if (multiline)
179                        out += "//";
180                else
181                        out += "/*";
182                out += format;
183                if (comment)
184                {
185                        if (txt.len()) { out += ";"; out += txt; }
186                        if (name.len()){ out += ";"; out += name; }
187                }
188                if (multiline)
189                        out += "\n";
190                else
191                        out += "*/";
192        }
193        out += gen;
194        return out;
195}
196
197SString Geno::shortString(void) const
198{
199        SString out;
200        if (format != '1')
201        {
202                if (multiline)
203                        out += "//";
204                else
205                        out += "/*";
206                if (format == 0)
207                        out += "invalid";
208                else
209                        out += format;
210                if (multiline)
211                        out += "\n";
212                else
213                        out += "*/";
214        }
215        out += gen;
216        return out;
217}
218
219int Geno::mapGenToString(int genpos) const
220{
221        if (genpos > gen.len()) return -2;
222        if (genpos < 0) return -1;
223        return mapinshift + genpos;
224}
225
226int Geno::mapStringToGen(int stringpos) const
227{
228        stringpos -= mapinshift;
229        if (stringpos > gen.len()) return -2;
230        if (stringpos < 0) return -1;
231        return stringpos;
232}
233
234SString Geno::getGene(void) const { return gen; }
235SString Geno::getName(void) const { return name; }
236char Geno::getFormat(void) const { return format; }
237SString Geno::getComment(void) const { return txt; }
238
239int ModelGenoValidator::testGenoValidity(Geno& g)
240{
241        if (g.getFormat() == '0')
242        {
243                Model mod(g);
244                return mod.isValid();
245        }
246        else
247        {
248                bool converter_missing;
249                Geno f0geno = g.getConverted('0', NULL, &converter_missing);
250                if (converter_missing)
251                        return -1;//no result
252                return f0geno.isValid();
253        }
254}
255
256void Geno::validate()
257{
258        if (isvalid >= 0) return;
259        if (gen.len() == 0) { isvalid = 0; return; }
260        if (format == INVALID_FORMAT) { isvalid = 0; return; }
261        Validators* vals = getValidators();
262        if (vals != NULL)
263        {
264#ifdef WARN_VALIDATION_INCONSISTENCY
265                vector<int> results;
266                int first_result=-1;
267                FOREACH(GenoValidator*, v, (*vals))
268                {
269                        int r=v->testGenoValidity(*this);
270                        if (first_result<0) first_result=r;
271                        results.push_back(r);
272                }
273                int N=vals->size();
274                for(int i=1;i<N;i++)
275                        if (results[i]!=results[0])
276                        {
277                        SString txt="Inconsistent validation results";
278                        for(int i=0;i<N;i++)
279                                txt+=SString::sprintf(" %d",results[i]);
280                        txt+=" for genotype '";
281                        txt+=getGene();
282                        txt+="'";
283                        logPrintf("Geno","validate",LOG_WARN,txt.c_str());
284                        break;
285                        }
286                isvalid=first_result;
287                if (isvalid>=0)
288                        return;
289#else
290                FOREACH(GenoValidator*, v, (*vals))
291                        if ((isvalid = v->testGenoValidity(*this)) >= 0)
292                                return;
293#endif
294        }
295        isvalid = 0;
296        logPrintf("Geno", "validate", LOG_WARN, "Wrong configuration? No genotype validators defined for genetic format 'f%c'.", format);
297}
298
299bool Geno::isValid(void)
300{
301        if (isvalid < 0)
302        {
303                LoggerToMemory err(LoggerBase::Enable | LoggerToMemory::StoreAllMessages, LOG_INFO);
304                validate();
305                err.disable();
306                string msg = err.getCountSummary();
307                if (msg.size() > 0)
308                {
309                        msg += ssprintf(" while checking validity of '%s'", getName().c_str());
310                        msg += "\n";
311                        msg += err.getMessages();
312                        logMessage("Geno", "isValid", err.getErrorLevel(), msg.c_str());
313                }
314        }
315        return isvalid > 0;
316}
317
318Geno Geno::getConverted(char otherformat, MultiMap *m, bool *converter_missing)
319{
320        if (otherformat == getFormat()) { if (converter_missing) *converter_missing = false; return *this; }
321#ifndef NO_GENOCONVMANAGER
322        GenoConvManager *converters = getConverters();
323        if (converters)
324        {
325                if ((otherformat == '0') && (!m))
326                {
327                        if (!f0gen)
328                                f0gen = new Geno(converters->convert(*this, otherformat, NULL, converter_missing));
329                        else
330                        {
331                                if (converter_missing) *converter_missing = false;
332                        }
333                        return *f0gen;
334                }
335                else
336                        return converters->convert(*this, otherformat, m, converter_missing);
337        }
338#endif
339        if (converter_missing) *converter_missing = true;
340        return (otherformat == getFormat()) ? *this : Geno(0, 0, 0, "GenConvManager not available");
341}
342
343Geno::~Geno()
344{
345        if (f0gen) delete f0gen;
346}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.