source: cpp/frams/genetics/f4/f4_conv.cpp @ 783

Last change on this file since 783 was 783, checked in by Maciej Komosinski, 2 years ago

Removed the unused "info" field and fixed a bug with incorrect pointers to content stored in a vector

  • Property svn:eol-style set to native
File size: 8.7 KB
Line 
1// This file is a part of Framsticks SDK.  http://www.framsticks.com/
2// Copyright (C) 1999-2017  Maciej Komosinski and Szymon Ulatowski.
3// See LICENSE.txt for details.
4
5// Copyright (C) 1999,2000  Adam Rotaru-Varga (adam_rotaru@yahoo.com), GNU LGPL
6// Copyright (C) since 2001 Maciej Komosinski
7// 2018, Grzegorz Latosinski, added support for new API for neuron types and their properties
8
9#include "f4_conv.h"
10#include <common/log.h>
11#include "../genooperators.h" //for GENOPER_OK constant
12
13#ifdef DMALLOC
14#include <dmalloc.h>
15#endif
16
17
18GenoConv_f40::GenoConv_f40()
19{
20        name = "Developmental encoding";
21        in_format = '4';
22        out_format = '0';
23        mapsupport = 1;
24}
25
26
27SString GenoConv_f40::convert(SString &in, MultiMap *map, bool using_checkpoints)
28{
29        int res;
30        f4_Model *model = new f4_Model();
31        res = model->buildFromF4(in, using_checkpoints);
32        if (GENOPER_OK != res) return SString();  // oops
33        if (NULL != map)
34                // generate to-f0 conversion map
35                model->getCurrentToF0Map(*map);
36        SString out = model->getF0Geno().getGenes();
37        delete model;
38        return out;
39}
40
41
42GenoConv_F41_TestOnly::GenoConv_F41_TestOnly()
43{
44        name = "Only for testing, approximate f4->f1 converter"; //Do not use in production! (adam)
45        in_format = '4';
46        out_format = '1';
47        mapsupport = 0;
48}
49
50
51SString GenoConv_F41_TestOnly::convert(SString &in, MultiMap *map, bool using_checkpoints)
52{
53        int res;
54        f4_Model *model = new f4_Model();
55        res = model->buildFromF4(in, using_checkpoints);
56        if (GENOPER_OK != res) return SString();  // oops
57        SString out;
58        model->toF1Geno(out);
59        delete model;
60        return out;
61}
62
63
64f4_Model::f4_Model() : Model()
65{
66        cells = NULL;
67}
68
69f4_Model::~f4_Model()
70{
71        if (cells) delete cells;
72}
73
74int f4_Model::buildFromF4(SString &geno, bool using_checkpoints)
75{
76        int i;
77
78        error = GENOPER_OK;
79        errorpos = -1;
80
81        // build cells, and simulate
82        if (cells) delete cells;
83        cells = new f4_Cells(geno, 0);
84        if (GENOPER_OK != cells->geterror())
85        {
86                error = cells->geterror();
87                errorpos = cells->geterrorpos();
88                //delete cells;
89                return error;
90        }
91
92        cells->simulate();
93        if (GENOPER_OK != cells->geterror())
94        {
95                error = cells->geterror();
96                errorpos = cells->geterrorpos();
97                return error;
98        }
99
100        // reset recursive traverse flags
101        for (i = 0; i < cells->nc; i++)
102                cells->C[i]->recProcessedFlag = 0;
103
104        open(using_checkpoints); // begin model build
105
106        // process every cell
107        int res;
108        for (i = 0; i < cells->nc; i++)
109        {
110                res = buildModelRec(cells->C[i]);
111                if (res)
112                {
113                        logMessage("f4_Model", "buildModelRec", 2, "Error in building Model");
114                        error = res;
115                        break;
116                }
117        }
118
119        res = close();
120        if (0 == res) // invalid
121                error = -10;
122
123        return error;
124}
125
126
127f4_Cell* f4_Model::getStick(f4_Cell *C)
128{
129        if (T_STICK4 == C->type) return C;
130        if (NULL != C->dadlink)
131                return getStick(C->dadlink);
132        // we have no more dadlinks, find any stick
133        for (int i = 0; i < cells->nc; i++)
134                if (cells->C[i]->type == T_STICK4)
135                        return cells->C[i];
136        // none!
137        logMessage("f4_Model", "getStick", 2, "Not a single stick");
138        return NULL;
139}
140
141
142/// updated by Macko to follow new SDK standards (no more neuroitems)
143int f4_Model::buildModelRec(f4_Cell *C)
144{
145        int partidx;
146        int j, res;
147        MultiRange range;
148
149        if (C->recProcessedFlag)
150                // already processed
151                return 0;
152
153        // mark it processed
154        C->recProcessedFlag = 1;
155
156        // make sure parent is a stick
157        if (NULL != C->dadlink)
158                if (C->dadlink->type != T_STICK4)
159                {
160                C->dadlink = getStick(C->dadlink);
161                }
162
163        // make sure its parent is processed first
164        if (NULL != C->dadlink)
165        {
166                res = buildModelRec(C->dadlink);
167                if (res) return res;
168        }
169
170        char tmpLine[100];
171
172        range = C->genoRange;
173        if (C->type == T_STICK4)
174        {
175                int jj_p1_refno;  // save for later
176                // first end is connected to dad, or new
177                if (C->dadlink == NULL)
178                {
179                        // new part object for firstend
180                        // coordinates are left to be computed by Model
181                        sprintf(tmpLine, "fr=%g,ing=%g,as=%g",
182                                /*1.0/C->P.mass,*/ C->P.friction, C->P.ingestion, C->P.assimilation
183                                //C->firstend.x, C->firstend.y, C->firstend.z
184                                );
185                        partidx = addFromString(PartType, tmpLine, &range);
186                        if (partidx < 0) return -1;
187                        this->checkpoint();
188                        jj_p1_refno = partidx;
189                }
190                else {
191                        // adjust mass/vol of first endpoint
192                        jj_p1_refno = C->dadlink->p2_refno;
193                        Part *p1 = getPart(jj_p1_refno);
194                        p1->mass += 1.0;
195                        //      p1->volume += 1.0/C->P.mass;
196                }
197                // new part object for lastend
198                sprintf(tmpLine, "fr=%g,ing=%g,as=%g",
199                        //C->lastend.x, C->lastend.y, C->lastend.z
200                        /*"vol=" 1.0/C->P.mass,*/ C->P.friction, C->P.ingestion, C->P.assimilation
201                        );
202                partidx = addFromString(PartType, tmpLine, &range);
203                if (partidx < 0) return -2;
204                C->p2_refno = partidx;
205
206                // new joint object
207                // check that the part references are valid
208                int jj_p2_refno = C->p2_refno;
209                if ((jj_p1_refno < 0) || (jj_p1_refno >= getPartCount())) return -11;
210                if ((jj_p2_refno < 0) || (jj_p2_refno >= getPartCount())) return -12;
211                sprintf(tmpLine, "p1=%ld,p2=%ld,dx=%g,dy=0,dz=0,rx=%g,ry=0,rz=%g"\
212                        ",stam=%g",
213                        jj_p1_refno, jj_p2_refno,
214                        // relative position -- always (len, 0, 0), along the stick
215                        // this is optional!
216                        C->P.length,
217                        // relative rotation
218                        C->xrot, C->zrot,
219                        //C->P.ruch,   // rotstif
220                        C->P.stamina
221                        );
222                partidx = addFromString(JointType, tmpLine, &range);
223                if (partidx < 0) return -13;
224                this->checkpoint();
225                C->joint_refno = partidx;
226        }
227
228        if (C->type == T_NEURON4) ///<this case was updated by MacKo
229        {
230                const char* nclass = C->neuclass->name.c_str();
231                int partno, jointno;
232                if (C->neuclass->getPreferredLocation() == 0)
233                {
234                        if (strcmp(nclass, "N") == 0)
235                        {
236                                partno = C->dadlink->p2_refno;
237                                if ((partno < 0) || (partno >= getPartCount())) return -21;
238                                else sprintf(tmpLine, "p=%ld,d=\"N:in=%g,fo=%g,si=%g\"", partno, C->inertia, C->force, C->sigmo);
239                        }
240                        else
241                        {
242                                sprintf(tmpLine, "d=\"%s\"", nclass);
243                        }
244                        partidx = addFromString(NeuronType, tmpLine, &range);
245                        if (partidx < 0) return -22;
246                        this->checkpoint();
247                        C->neuro_refno = partidx;
248                }
249                else if (C->neuclass->getPreferredLocation() == 1) // attached to Part or have no required attachment - also part
250                {
251                        partno = C->dadlink->p2_refno;
252                        if ((partno < 0) || (partno >= getPartCount())) return -21;
253                        if (strcmp(nclass, "N") == 0)
254                        {
255                                sprintf(tmpLine, "d=\"N:in=%g,fo=%g,si=%g\"", partno, C->inertia, C->force, C->sigmo);
256                        }
257                        else
258                        {
259                                sprintf(tmpLine, "p=%ld,d=\"%s\"", partno, nclass);
260                        }
261                        partidx = addFromString(NeuronType, tmpLine, &range);
262                        if (partidx < 0) return -22;
263                        this->checkpoint();
264                        C->neuro_refno = partidx;
265                }
266                else // attached to Joint
267                {
268                        jointno = C->dadlink->joint_refno;
269                        sprintf(tmpLine, "n:j=%d,d=\"%s\"", jointno, nclass);
270                        partidx = addFromString(NeuronType, tmpLine, &range);
271                        if (partidx < 0) return -32;
272                        this->checkpoint();
273                }
274                C->neuro_refno = partidx;
275                int n_refno = C->neuro_refno;
276
277                if ((strcmp(nclass,"N") == 0) && C->ctrl)
278                {
279                        if (1 == C->ctrl)
280                                sprintf(tmpLine, "j=%d,d=\"@:p=%g\"", C->dadlink->joint_refno, C->P.muscle_power);
281                        else
282                                sprintf(tmpLine, "j=%d,d=\"|:p=%g,r=%g\"", C->dadlink->joint_refno, C->P.muscle_power, C->mz);
283                        partidx = addFromString(NeuronType, tmpLine, &range);
284                        if (partidx < 0) return -32;
285                        sprintf(tmpLine, "%d,%d", partidx, n_refno);
286                        if (addFromString(NeuronConnectionType, tmpLine, &range) < 0) return -33;
287                        this->checkpoint();
288                }
289
290                for (j = 0; j < C->nolink; j++)
291                {
292                        if (NULL != C->links[j]->from)
293                                buildModelRec(C->links[j]->from);
294
295                        tmpLine[0] = 0;
296                        if (C->links[j]->from == NULL)
297                        {
298                                const char* nclass = C->links[j]->t.c_str();
299                                char* temp = (char*)C->links[j]->t.c_str();
300                                NeuroClass *sensortest = GenoOperators::parseNeuroClass(temp);
301                                //backward compatibility for G*TS
302                                if (C->links[j]->t == "*" || C->links[j]->t == "S" || C->links[j]->t == "T")
303                                {
304                                        sprintf(tmpLine, "p=%d,d=\"%s\"", partno, nclass);
305                                }
306                                else if (C->links[j]->t == "G")
307                                {
308                                        jointno = C->dadlink->joint_refno;
309                                        sprintf(tmpLine, "j=%d,d=\"%s\"", jointno, nclass);
310                                }                               
311                                else if (sensortest->getPreferredLocation() == 0)
312                                {
313                                        sprintf(tmpLine, "d=\"%s\"",nclass);
314                                }
315                                else if (sensortest->getPreferredLocation() == 1)
316                                {
317                                        sprintf(tmpLine, "p=%d,d=\"%s\"", partno, nclass);
318                                }
319                                else
320                                {
321                                        jointno = C->dadlink->joint_refno;
322                                        sprintf(tmpLine, "j=%d,d=\"%s\"", jointno, nclass);
323                                }
324
325                        }
326                        int from = -1;
327                        if (tmpLine[0]) //input from receptor
328                        {
329                                from = addFromString(NeuronType, tmpLine, &range);
330                                if (from < 0) return -34;
331                                this->checkpoint();
332                        } /*could be 'else'...*/
333
334                        if (NULL != C->links[j]->from) // input from another neuron
335                                from = C->links[j]->from->neuro_refno;
336                        if (from >= 0)
337                        {
338                                sprintf(tmpLine, "%d,%d,%g", n_refno, from, C->links[j]->w);
339                                if (addFromString(NeuronConnectionType, tmpLine, &range) < 0) return -35;
340                                this->checkpoint();
341                        }
342                }
343        }
344        return 0;
345}
346
347
348void f4_Model::toF1Geno(SString &out)
349{
350        cells->toF1Geno(out);
351}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.